Propositions de stages – M2 BIOMAR

Retrouvez les propositions de stages pour les étudiants de Master 2 :

sujet-stagedescription-stageresp-stageemaillabo1adress1
Définition d'un seuil de fréquentation (capacité de charge) du sentier sous-marin de l'île aux Canards, Nouméa, Nouvelle- CalédonieLa fréquentation de l’ile aux Canards depuis ces dernières années, (60 000 visiteurs en 2015) devient une menace constante pour la préservation du patrimoine naturel de ce site touristique, en particulier, le récif corallien dont le CIE NC gère et anime depuis 2001 le sentier sous-marin._x000D_ La capacité de charge au-delà de laquelle les coraux sont menacés par piétinement ou effleurement a été évaluée à 50 personnes/m2/an (Leujak et Ormond, 2008). Ce seuil a été proposé pour maintenir un niveau de récifs en bonne santé._x000D_ L’objectif du stage est de définir une capacité de charge pour le sentier sous-marin de l’ile aux Canards en réalisant :_x000D_  Une analyse bibliographique, _x000D_  Un diagnostic écologique (cartographie SIG),_x000D_  Une analyse statistique de la fréquentation,_x000D_  Une analyse comportementale des visiteurs,_x000D_  Une évaluation de la capacité de charge,_x000D_ Nicolas RAFECAS, consultant en environnement et aménagement du littoralnicolas.rafecas@
gmail.com
Centre d'Initiation à l'Environnement de Nouvelle-Calédonie (CIE NC)15, rue Dr Guegan quartier latin 98 845 Nouméa_x000D_ Nouvelle-Calédonie
Les effets de l’éruption volcanique du Laki sur la biogéochimie de l’Atlantique Nord: quantification d’un épisode naturel d’acidification.L’éruption volcanique de la fissure du Laki a libéré des quantités importantes de soufre entre mai et octobre 1783. Alors que les conséquences sur la végétation terrestre de l’Islande et de l’Europe du nord sont bien documentées, aucune étude n’a à ce jour évalué les impacts de l’éruption sur la biogéochimie marine. Nous disposons d’une réévaluation récente des émissions de soufre, ainsi que du transport et du dépots des aérosols soufrés. Ces aérosols se transforment en acide sulfurique au contact avec la phase aqueuse. Ils ont donc un effet direct sur la concentration en ion hydrogène de l’eau de mer et donc sur le pH. L’étudiant analysera les sorties d’un ensemble de simulations obtenues à partir du modèle NEMO/PISCES. Il évaluera l’impact de l’épisode LAKI sur la géochimie des carbonates (e.g. pH, niveau de saturation des eaux par rapport à la calcite). Il quantifiera l’ampleur de l'acidification et les cinétiques associées au phénomène.Marion GEHLENmarion.gehlen@
lsce.ipsl.fr
Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement (IPSL/LSCE)Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement_x000D_ Institut Pierre Simon Laplace_x000D_ LSCE/IPSL_x000D_ UMR CEA-CNRS-UVSQ_x000D_ CEA Saclay_x000D_ Orme des Merisiers Bat. 712_x000D_ 91191 Gif-sur-Yvette cedex_x000D_ France
Analyse automatisée à basse et haute fréquences des micro-organismes auto- et hétérotrophes (procaryotes) par cytométrie en flux : Application aux milieux naturels et à des échantillons issus de filières de production d’eau potable.Le plancton est un compartiment biologique majeur de l’écosystème. Le phytoplancton est responsable de plus de la moitié de la production primaire de la planète. Les procaryotes hétérotrophes sont les principaux responsables de la minéralisation de la matière organique et de la régénération des sels nutritifs._x000D_ La cytométrie en flux est une des méthodes d’investigation à l’échelle cellulaire qui s’impose de plus en plus en microbiologie, et notamment dans l’étude de l’ultraplancton (taille < 10 µm). Elle permet une analyse non destructrice à haut débit des cellules (jusqu’à plusieurs milliers par seconde). Ces cellules sont entraînées par un liquide vecteur et sont interceptées, une par une, par une source lumineuse (un ou plusieurs lasers). Les propriétés optiques de diffusion de la lumière et d’émission de fluorescence permettent de discriminer les cellules présentes en différents groupes. Cela permet de déterminer ensuite l’abondance cellulaire de ces groupes._x000D_ En microbiologie aquatique, et marine en particulier, l’analyse rapide permet l’étude de la distribution des assemblages microbiens autotrophes et hétérotrophes à une fréquence hors de portée des méthodes plus conventionnelles. Elle n’intervient pas en remplacement de ce qui se fait traditionnellement, mais plutôt en complément des analyses à basse résolution (séries temporelles). Si l’analyse cytométrique reste pour le moment ataxonomique, son couplage avec la prise d’images ou les sondes fluorescentes peut déboucher sur un lien taxonomique._x000D_ La Plate-forme Régionale de Cytométrie pour la Microbiologie (PRECYM ; https://precym.mio.univ-amu.fr/) de l’Institut Méditerranéen d’Océanologie – M.I.O - (http://mio.pytheas.univ-amu.fr/) est déjà équipée d’un type particulier de cytomètre en flux, un modèle CytoSense (Dubelaar et al., 1999, Dubelaar et Jonker, 2000, Thyssen, 2008; Thyssen et al., 2008a,b; 2009, 2010) conçu spécialement pour l’analyse des micro-organismes aquatiques. Cet instrument est le seul cytomètre en flux commercialisé qui, par sa conception : _x000D_ - Inclut l’enregistrement du profil des signaux générés par les particules (cellules) lors de leur interception par un faisceau laser _x000D_ - Permet l’analyse de particules (cellules) dans la gamme 0,5-1000 µm et de chaînes Cette information complémentaire, qui autorise l’analyse de chaînes de cellules, n’est pas disponible sur des cytomètres conventionnels limités à la classe de taille < 10 μm._x000D_ - Inclut la prise d’images des cellules._x000D_ _x000D_ Aujourd’hui, comme prévu lors de l’acquisition d’un cytomètre Cytosense optimisé pour les petites particules (version « Cytopro »), la plate-forme PRECYM s’efforce de compléter l’instrument avec un module automatisé de coloration et d’incubation « CYTOPRO » qu’elle a conçu en collaboration avec la société Cytobuoy. Ce module destiné à l'incubation automatisé des échantillons en conditions contrôlées avec un ou plusieurs fluorochromes (colorants fluorescents) est indispensable pour détecter et analyser à haute fréquence les micro-organismes hétérotrophes (non fluorescents naturellement) par l’intermédiaire du cytomètre Cytosense. Ces nouvelles capacités ouvrent la voie à de nouvelles applications que PRECYM mettra à la disposition de ses utilisateurs, et notamment d’une importante société spécialisé dans l’approvisionnement en eau potable._x000D_ Un des objectifs de ce stage est de participer aux phases de tests de ce module CYTOPRO prototype en se focalisant sur la détection des procaryotes hétérotrophes non seulement en milieu aquatique classique (milieu marin et eau douce) mais également dans des échantillons d’eau issus des filières de traitement d’eau potable d’une société Française qui souhaite s’équiper de cette technologie novatrice. En parallèle, les organismes photosynthétiques seront également recherchés dans ces mêmes échantillons. L’étudiant(e) sélectionné(e) aura l’opportunité de travailler sur une technologie innovante, en collaboration à la fois avec un laboratoire public (le MIO sur Marseille) et une entreprise privée (à Paris). _x000D_ _x000D_ La plateforme PRECYM est également impliquée dans l’analyse par cytométrie d’échantillons issus de séries temporelles qui étudient la dynamique de l’écosystème marin en Méditerranée, en milieu côtier (réseau national des stations marines SOMLIT) et hauturier (programme MOOSE). Depuis plusieurs années, les abondances des assemblages ultraplanctoniques ont été déterminées par cytométrie en flux à une fréquence de une à deux fois par mois dans la baie de Marseille (site SOLEMIO), la baie de Villefranche/mer, à Banyuls-sur-mer et au large de Toulon (site ANTARES). Ces données sont complétées par des mesures environnementales (température, conductivité, sels nutritifs, concentration en oxygène dissous, pH, etc.). Un second objectif de ce stage est de travailler sur ces données multivariées afin d’en extraire des informations pertinentes sur les relations qui existent entre ces assemblages microbiens planctoniques et le forçage environnemental associé, un sujet d’actualité dans le contexte du changement global._x000D_ _x000D_ M. GREGORI Géraldgerald.gregori@
mio.osupytheas.fr
Institut Méditerranéen d'Océanographie (M.I.O)Campus de Luminy, Bâtiment OCEANOMED, 13288 Marseille cedex 9
Etude de l’adhésion de l’huître creuse C. gigas au stade larvaire : localisation cellulaire de l’expression de gènes codant des protéines potentiellement adhésives.Le stage s’intègre dans la thèse de Valentin Foulon (thesesenbretagne.ueb.eu) qui a pour but la caractérisation de nouveaux bioadhésifs d’origine marine à partir de l’étude de l’adhésion de l’huître creuse Crassostrea gigas. _x000D_ Durant sa vie larvaire, l’huître creuse est pélagique jusqu’au stade pédiveligère (Figure 1). Ce stade est marqué par l’apparition d’un organe spécifique : le pied. Le pied a une fonction motrice et sensitive, il permet à la larve d’explorer le substrat, c’est la phase de crawling. Lorsque la zone explorée est favorable, la larve sécrète par l’intermédiaire du pied une substance adhésive qui la fixe définitivement à son substrat (Cranfield 1973a, b, c, 1974, 1975). Malgré l’importance cruciale de l’étape de fixation dans le cycle de vie de l’huître, aucune étude n’a préalablement été menée sur le processus d’adhésion de C. gigas. Nous souhaitons donc décrire et caractériser l’adhésif produit par l’huître creuse._x000D_ Au cours de la 1ère année de thèse, la composition chimique générale de l’adhésif a été déterminée par spectrométrie (FTIR, XPS, EDX). Des analyses en protéomique ont permis de détecter des protéines candidates, i.e. présentant des caractéristiques qui laissent à penser qu’elles seraient impliquées dans le processus d’adhésion. Afin de valider ou non l’implication des protéines candidates dans le processus d’adhésion, la localisation au sein des larves de C. gigas, plus spécifiquement au sein du pied, de l’expression des gènes codant ces protéines est requise. _x000D_ Ainsi l’objectif de ce stage est de déterminer les profils d’expression au niveau cellulaire des protéines candidates par la technique d’hybridation in situ (Fabioux et al., 2004, Hohagen et al., 2015). _x000D_ Un élevage larvaire de C. gigas en conditions contrôlés permettra d’acquérir le matériel biologique nécessaire aux différentes expérimentations. Pour chaque protéine candidate, des sondes ARN spécifiques seront produites. Les sondes seront ensuite hybridées sur des coupes histologiques et des organismes entiers (whole mount), ceci pour localiser au mieux le marquage. Les sondes seront marquées par digoxygenine (ISH) ou par fluorochromes (FISH). _x000D_ _x000D_ L’ensemble de ces travaux permettra d’améliorer la compréhension des mécanismes et des molécules impliquées dans l’adhésion de l’huître creuse._x000D_ A terme, la valorisation d’un bioadhésif naturel issu de l’huître creuse est envisagé._x000D_ Claire Hellio, Valentin Foulonvalentin.foulon@
univ-brest.fr
IUEM LEMAR UMR6539Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR), UMR6539 CNRS/UBO/IRD/Ifremer, Institut Universitaire Européen de la Mer, Place Nicolas Copernic, Technopôle Brest-Iroise, 29280 Plouzané
Colonisation et dégradation des plastiques par les microorganismes marinsLes plastiques représentent environ 80% des déchets retrouvés en milieu marin, estimés à 8 millions de tonnes qui rejoignent chaque année l’océan. Ces déchets ont des durées de vie de plusieurs dizaines d’années et constituent des supports à long terme pour la colonisation et le transport des microorganismes qui y forment des biofilms. _x000D_ Nous proposons de caractériser les biofilms qui colonisent les plastiques (« la plastisphère ») en utilisant des outils récents de la métagénomique à partir d’échantillons que nous avons collectés lors de la campagne TARA-Méditerranée et lors de suivis de colonisation de différents types de plastique (plastiques conventionnels, oxo-dégradables ou bio-sourcés) dans le Parc Naturel Marin du Golfe du Lion. Nous étudions également la biodégradation des plastiques par les communautés bactériennes naturelles et par des souches isolées, en utilisant des outils de la transcriptomique couplée à des mesures d'activités microbienne et de respiromètrie._x000D_ Ces recherches seront réalisées au sein de l’équipe «Ecotoxicologie et ingénierie microbienne marine» dirigée par JF Ghiglione, et en collaboration avec les partenaires du programme ANR-OXOMAR (coordinateur JF Ghiglione)._x000D_ Site internet de l'équipe d'accueil: http://lomic.obs-banyuls.fr/fr/axe_4_ecotoxicologie_et_ingenierie_metabolique_microbienne.htmlJean-François GHIGLIONE, directeur de recherche CNRS ghiglione@
obs-banyuls.fr
Observatoire Océanologique de BanyulsLaboratoire d'Océanographie Microbienne - UMR 7621_x000D_ 66650 Banyuls sur mer
Comportements sociaux au sein des biofilms oléolytiquesLes microorganismes sont capables d’interagir entre eux. Une population peut avoir des effets positifs ou négatifs sur une autre au sein d’une même espèce ou entre plusieurs espèces. Les comportements sociaux sont favorisés par l’environnement, par exemple dans la lutte pour une ressource nutritive ou pour un habitat. _x000D_ La conquête du substrat dans un milieu marin très dilué induit potentiellement de la compétition pour l’accès à ce substrat. Les populations bactériennes sont souvent intimement liées, que ce soit en adhérant à la même particule en suspension dans l’eau de mer ou au sein de biofilms, par exemple. Certaines souches sont ainsi capables d’empêcher la formation de biofilm par d’autres souches considérées comme compétitrices._x000D_ Nous nous intéresserons aux potentiels comportements sociaux qui peuvent avoir lieu entre des bactéries dégradants des composés organiques hydrophobes. Les biofilms oléolytiques, c’est-à-dire se formant sur des lipides ou des hydrocarbures dans le but de les métaboliser, semblent former un environnement favorable aux comportements sociaux._x000D_ Il s’agira de réaliser des expériences mettant en jeu des souches bactériennes dans des biofilms mixtes afin de mettre en évidence d’éventuels comportements sociaux entre elles. Pour cela, le suivi de la formation de biofilm, la quantification spécifique des souches et une analyse de signaux de communication devront être réalisés.Pr. Régis Grimaudregis.grimaud@
univ-pau.fr
Equipe Environnement et MicrobiologieUniversité de Pau et des Pays de l'Adour_x000D_ IPREM - UMR 5254_x000D_ IBEAS - BP 1155_x000D_ 64013 PAU
Etude des biofilms de Vibrio et développement d’une qPCRLe stage s’inscrit dans la thématique « Vibrio » qui a pour buts :_x000D_ 1) de développer des méthodes de détection (ou de surveillance) des espèces présentant un risque pour la santé humaine et animale,_x000D_ 2) de comprendre l’établissement de biofilms de Vibrio in vitro et dans l’environnement naturel,_x000D_ 3) d’étudier l’impact des facteurs environnementaux sur la dynamique des communautés microbiennes en bassins d’élevage,_x000D_ 4) d’acquérir des données sur le comportement et la persistance de Vibrio en aquaculture, afin d’établir des méthodes de lutte contre la vibriose._x000D_ La (Le) stagiaire aura deux principales missions, rattachées respectivement aux projets FranceAgriMer SURVIB et VIDEO._x000D_ 1. Projet SURVIB_x000D_ Le projet FranceAgriMer SURVIB porte sur l’étude de la capacité de bactéries marines Vibrio (Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae, Vibrio vulnificus) à former des biofilms sur coupons inox, selon différentes conditions environnementales (T°C et milieux). Les souches ont été préalablement isolées de produits de la mer. La cinétique de formation du biofilm sera étudiée au cours du temps : les coupons inox seront écouvillonnés pour permettre un dénombrement des bactéries adhérées sur milieu gélosé et l’ADN sera extrait pour les analyses en PCR quantitative en temps réel (qPCR). La proportion de bactéries VNC (Viables Non Cultivables) sera notamment évaluée par qPCR avec traitement préalable au PMA (Propidium Monoazide). Les résultats obtenus par comptage des colonies sur gélose, qPCR et qPCR-PMA seront analysés et interprétés pour rendre compte des proportions de bactéries vivantes, mortes et VNC. De plus, un marquage avec le kit Live/Dead permettra de distinguer les cellules vivantes des cellules mortes au microscope._x000D_ 2. Projet VIDEO_x000D_ La (le) stagiaire se consacrera dans un premier temps à tester des amorces PCR sur différentes souches de Vibrio, le but étant de mettre en place une PCR en temps réel dédiée au genre Vibrio. Si les premiers essais sont concluants, les paramètres de la méthode tels que la spécificité, l’efficacité et les limites de détection seront déterminées. Dans le cas contraire, d’autres couples d’amorces seront dessinés d’après la littérature et des recherches dans les banques de données, puis testés._x000D_ Le stage pourra déboucher sur une poursuite en thèse, après obtention d’un financement et sous réserve de l’adéquation du candidat._x000D_ La (le) stagiaire sera affecté(e) à l’Institut Charles Viollette EA 7394 au sein de l’Unité Biochimie des Produits Aquatiques (BPA) de l’Université du Littoral Côte d’Opale (ULCO). Les expériences seront effectuées au laboratoire Anses, Département des Produits de la Pêche et de l’Aquaculture à Boulogne sur mer._x000D_ Mots clés : Vibrio, produits de la mer, biofilms, VNC, qPCR_x000D_ Maryse BONNIN-JUSSERAND, Stéphanie COPIN, Graziella BOURDIN, Thierry GRARDmaryse.bonnin@
univ-littoral.fr
Unité Biochimie des Produits AquatiquesUniversité du Littoral Côte d'Opale_x000D_ Unité Biochimie des Produits Aquatiques BPA_x000D_ Bassin Napoléon, Quai Masset_x000D_ BP120_x000D_ 62327 Boulogne Sur Mer_x000D_
Etude des voies de biosynthèses à l’origine des ovatoxines chez l’algue toxique Ostreopsis cf. ovataDepuis plusieurs décennies, une prolifération accrue du dinoflagellé toxique Ostreopsis cf. ovata a été enregistrée le long des côtes de Méditerranée Nord-Occidentale (1, 2). Certaines de ces efflorescences ont donné lieu à des épisodes épidémiologiques importants (3, 4) et cette espèce fait l’objet d’une surveillance rapprochée par plusieurs pays. La toxicité de ces dinoflagellés benthiques est due à la synthèse de toxines structurellement proches de la palytoxine qui sont ensuite transférées dans le milieu et/ou les aérosols (5). Plusieurs de ces toxines ont été à ce jour identifiées par spectrométrie de masse et ont été regroupées sous le nom d’ovatoxine a à g (6-8), mais seule l’ovatoxine-a a fait l’objet d’une élucidation structurale complète (9). De même, les voies de biosynthèses à l’origine des ovatoxines sont encore inconnues. Une meilleure connaissance des voies de biosynthèses permettraient de mieux comprendre la production de ces toxines et éventuellement les lier à certains paramètres environnementaux._x000D_ Dans ce contexte, l’étudiant sera amené à tester plusieurs précurseurs de biosynthèse potentiellement à l’origine des parties terminales azotées des toxines : famille des polycétides (acétate, propionate) et famille des acides aminés. Pour ce faire, des expériences de « feeding » avec des précurseurs radio-marqués seront réalisées. Cette approche se base sur une méthodologie déjà développée en 2013 par nos laboratoires sur les brevetoxines synthétisées par un autre dinoflagellé toxique, Karenia brevis (10). _x000D_ Ces expérimentations requièrent une très grande rigueur de travail en laboratoire du fait des réglementations spécifiques liées à l’utilisation de la radioactivité. L’étudiant devra avoir un parcours transdisciplinaire avec de solides connaissances en chimie (extraction, HPLC, purification) et au moins une expérience dans la culture de micro-algues. _x000D_ Ce projet de Master 2 s’inscrit dans l’ANR OCEAN15 (2016-2020) et se déroulera dans les locaux de l’IAEA (International Atomic Energy Agency) à Monaco. L’encadrement Université de Nice sera réalisé par O. Thomas (PI) et E. Ternon (postdoc) et l’étudiant travaillera en étroite collaboration avec les membres de l’équipe REL (Radioecology Laboratory) de l’IAEA, Y. Bottein et J.L. Teyssie._x000D_  _x000D_ Bibliographie_x000D_ 1. Mangialajo L, et al. (2008) The toxic benthic dinoflagellate Ostreopsis ovata: quantification of proliferation along the coastline of Genoa, Italy. (Translated from eng) Mar Pollut Bull 56(6):1209-1214 (in eng)._x000D_ 2. Mangialajo L, et al. (2011) Trends in Ostreopsis proliferation along the Northern Mediterranean coasts. (Translated from eng) Toxicon 57(3):408-420 (in eng)._x000D_ 3. Ciminiello P, et al. (2006) The Genoa 2005 outbreak. Determination of putative palytoxin in Mediterranean Ostreopsis ovata by a new liquid chromatography tandem mass spectrometry method. Analytical Chemistry 78:6153-6159._x000D_ 4. Amzil Z, et al. (2012) Ovatoxin-a and palytoxin accumulation in seafood in relation to Ostreopsis cf. ovata blooms on the French Mediterranean coast. (Translated from eng) Marine Drugs 10(2):477-496 (in eng)._x000D_ 5. Ciminiello P, et al. (2014) First finding of Ostreopsis cf. ovata toxins in marine aerosols. (Translated from eng) Environ Sci Technol 48(6):3532-3540 (in eng)._x000D_ 6. Ciminiello P, et al. (2008) Putative palytoxin and its new analogue, ovatoxin-a, in Ostreopsis ovata collected along the Ligurian coasts during the 2006 toxic outbreak. (Translated from eng) J Am Soc Mass Spectrom 19(1):111-120 (in eng)._x000D_ 7. Brissard C (2014) Ovatoxines: Purification à partir d'Ostreopsis cf. ovata en culture et niveaux d'accumulation dans les produits de la mer. Thèse de Doctorat:290 pp._x000D_ 8. Brissard C, et al. (2015) Characterization of ovatoxin-h, a new ovatoxin analog, and evaluation of chromatographic columns for ovatoxin analysis and purification. (Translated from eng) J Chromatogr A 1388:87-101 (in eng)._x000D_ 9. Ciminiello P, et al. (2012) Isolation and structure elucidation of ovatoxin-a, the major toxin produced by Ostreopsis ovata. (Translated from eng) J Am Chem Soc 134(3):1869-1875 (in eng)._x000D_ 10. Calabro K, et al. (2014) Further Insights into Brevetoxin Metabolism by de Novo Radiolabeling. Toxins 6(6):1785-1798.Pr Olivier P. THOMASolivier.thomas@
nuigalway.ie
Université de Galway (Irlande); Lieu du stage: l’IAEA (International Atomic Energy Agency) à Monaco
Etude des voies de biosynthèses à l’origine des ovatoxines chez l’algue toxique Ostreopsis cf. ovataDepuis plusieurs décennies, une prolifération accrue du dinoflagellé toxique Ostreopsis cf. ovata a été enregistrée le long des côtes de Méditerranée Nord-Occidentale (1, 2). Certaines de ces efflorescences ont donné lieu à des épisodes épidémiologiques importants (3, 4) et cette espèce fait l’objet d’une surveillance rapprochée par plusieurs pays. La toxicité de ces dinoflagellés benthiques est due à la synthèse de toxines structurellement proches de la palytoxine qui sont ensuite transférées dans le milieu et/ou les aérosols (5). Plusieurs de ces toxines ont été à ce jour identifiées par spectrométrie de masse et ont été regroupées sous le nom d’ovatoxine a à g (6-8), mais seule l’ovatoxine-a a fait l’objet d’une élucidation structurale complète (9). De même, les voies de biosynthèses à l’origine des ovatoxines sont encore inconnues. Une meilleure connaissance des voies de biosynthèses permettraient de mieux comprendre la production de ces toxines et éventuellement les lier à certains paramètres environnementaux._x000D_ Dans ce contexte, l’étudiant sera amené à tester plusieurs précurseurs de biosynthèse potentiellement à l’origine des parties terminales azotées des toxines : famille des polycétides (acétate, propionate) et famille des acides aminés. Pour ce faire, des expériences de « feeding » avec des précurseurs radio-marqués seront réalisées. Cette approche se base sur une méthodologie déjà développée en 2013 par nos laboratoires sur les brevetoxines synthétisées par un autre dinoflagellé toxique, Karenia brevis (10). _x000D_ Ces expérimentations requièrent une très grande rigueur de travail en laboratoire du fait des réglementations spécifiques liées à l’utilisation de la radioactivité. L’étudiant devra avoir un parcours transdisciplinaire avec de solides connaissances en chimie (extraction, HPLC, purification) et au moins une expérience dans la culture de micro-algues. _x000D_ Ce projet de Master 2 s’inscrit dans l’ANR OCEAN15 (2016-2020) et se déroulera dans les locaux de l’IAEA (International Atomic Energy Agency) à Monaco. L’encadrement Université de Nice sera réalisé par O. Thomas (PI) et E. Ternon (postdoc) et l’étudiant travaillera en étroite collaboration avec les membres de l’équipe REL (Radioecology Laboratory) de l’IAEA, Y. Bottein et J.L. Teyssie._x000D_  _x000D_ Bibliographie_x000D_ 1. Mangialajo L, et al. (2008) The toxic benthic dinoflagellate Ostreopsis ovata: quantification of proliferation along the coastline of Genoa, Italy. (Translated from eng) Mar Pollut Bull 56(6):1209-1214 (in eng)._x000D_ 2. Mangialajo L, et al. (2011) Trends in Ostreopsis proliferation along the Northern Mediterranean coasts. (Translated from eng) Toxicon 57(3):408-420 (in eng)._x000D_ 3. Ciminiello P, et al. (2006) The Genoa 2005 outbreak. Determination of putative palytoxin in Mediterranean Ostreopsis ovata by a new liquid chromatography tandem mass spectrometry method. Analytical Chemistry 78:6153-6159._x000D_ 4. Amzil Z, et al. (2012) Ovatoxin-a and palytoxin accumulation in seafood in relation to Ostreopsis cf. ovata blooms on the French Mediterranean coast. (Translated from eng) Marine Drugs 10(2):477-496 (in eng)._x000D_ 5. Ciminiello P, et al. (2014) First finding of Ostreopsis cf. ovata toxins in marine aerosols. (Translated from eng) Environ Sci Technol 48(6):3532-3540 (in eng)._x000D_ 6. Ciminiello P, et al. (2008) Putative palytoxin and its new analogue, ovatoxin-a, in Ostreopsis ovata collected along the Ligurian coasts during the 2006 toxic outbreak. (Translated from eng) J Am Soc Mass Spectrom 19(1):111-120 (in eng)._x000D_ 7. Brissard C (2014) Ovatoxines: Purification à partir d'Ostreopsis cf. ovata en culture et niveaux d'accumulation dans les produits de la mer. Thèse de Doctorat:290 pp._x000D_ 8. Brissard C, et al. (2015) Characterization of ovatoxin-h, a new ovatoxin analog, and evaluation of chromatographic columns for ovatoxin analysis and purification. (Translated from eng) J Chromatogr A 1388:87-101 (in eng)._x000D_ 9. Ciminiello P, et al. (2012) Isolation and structure elucidation of ovatoxin-a, the major toxin produced by Ostreopsis ovata. (Translated from eng) J Am Chem Soc 134(3):1869-1875 (in eng)._x000D_ 10. Calabro K, et al. (2014) Further Insights into Brevetoxin Metabolism by de Novo Radiolabeling. Toxins 6(6):1785-1798.Pr Olivier P. THOMASolivier.thomas@
nuigalway.ie
Université de Galway (Irlande); Lieu du stage: l’IAEA (International Atomic Energy Agency) à Monaco