Propositions de stages – M2 BIOMAR

Retrouvez les propositions de stages pour les étudiants de Master 2 :

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Évaluation de l’écotoxicité de potentiels perturbateurs endocriniens (médicaments et pesticides) sur le plancton en milieu marin côtierLes écosystèmes marins côtiers sont soumis à de nombreuses pressions humaines (rejets urbains, industriels, agricoles …) pouvant modifier profondément leur fonctionnement. Ainsi, le rejet de molécules organiques, tels que les médicaments et les pesticides, dans les milieux aquatiques représente un risque émergent majeur pour l’environnement et la santé humaine. Leurs effets ont été principalement étudiés sur des organismes aquatiques destinés à la consommation humaine (poissons, mollusques …) ou sur quelques organismes modèles cultivés. Le projet dans lequel s’inscrit ce stage vise à évaluer ce risque au niveau du plancton naturel marin, base du réseau trophique. Les effets de potentiels perturbateurs endocriniens (substances médicamenteuses et pesticides) seront observés en laboratoire au cours de tests standards réalisés sur des organismes planctoniques modèles. Ces tests seront complétés par le développement de tests écotoxicologiques sur du plancton naturel de la Rade de Toulon (virus, bactéries, pico/nanophytoplancton et/ou zooplancton).Floriane DELPY / Patricia MERDYfloriane.delpy@univ-tln.frCEREGE (Centre Européen de Recherche et d’Enseignement des Géosciences de l’Environnement)Université de Toulon
Campus de La Garde - La Valette
Bâtiment R
Avenue de l’Université
83130 LA GARDE
Dynamiques microbiennes et transferts d’éléments traces métalliques à l’interface eau-sédiments En milieu marin côtier anthropisé, les sédiments représentent un important réservoir de contaminants, assurant le rôle de source et/ou de puits pour la colonne d’eau. Les contaminants traces métalliques peuvent par exemple être transférés entre la phase particulaire des sédiments, l’eau interstitielle des sédiments et la colonne d’eau par différents processus physiques, chimiques et biologiques1,2,3. La compréhension de ces mécanismes fondamentaux et de leurs facteurs de régulation permettra une meilleure appréhension des risques environnementaux et sanitaires associés aux contaminations d’origine anthropique. Si les communautés microbiennes et leur fonctionnement à l’interface eau-sédiments ont déjà fait l’objet de nombreux travaux, leur rôle dans les transferts de contaminants traces métalliques reste à préciser.
Dans le cadre du projet de recherche SE.D.RI.PORT. (SEdimenti, Dragaggi e RIschi PORTtuali, Interreg Marittimo Italie-France), les recherches menées au laboratoire ont pour but de caractériser les contributions des microorganismes au transfert d’ETM à l’interface eau-sédiments en milieu portuaire, notamment en cas de remise en suspension de sédiments liée aux activités anthropiques (trafic maritime, dragage, …).
L’objectif de ce stage est de caractériser les groupes microbiens taxonomiques et fonctionnels potentiellement impliqués dans le transfert d’ETM à l’interface eau-sédiment de deux ports italiens (La Spezia et Cagliari). L’étudiant participera à une caractérisation de ces transferts dans des carottes de sédiments et lors d’expériences de simulation de remise en suspension menées au laboratoire. Les principaux paramètres suivis seront l’abondance et la diversité taxonomique des procaryotes présents/actifs, l’abondance de certains groupes fonctionnels et taxonomiques particuliers ainsi que l’expression de gènes impliqués dans des fonctions biogéochimiques importantes. Une attention particulière sera portée sur les liens entre les cycles biogéochimiques du soufre et des ETM considérés.
Benjamin Missonmisson@univ-tln.frPROTEE/MIOUniversité de Toulon
Bât. R
Avenue de l'Université
83130 La Garde
Définition d'un seuil de fréquentation (capacité de charge) du sentier sous-marin de l'île aux Canards, Nouméa, Nouvelle- CalédonieLa fréquentation de l’ile aux Canards depuis ces dernières années, (60 000 visiteurs en 2015) devient une menace constante pour la préservation du patrimoine naturel de ce site touristique, en particulier, le récif corallien dont le CIE NC gère et anime depuis 2001 le sentier sous-marin.
La capacité de charge au-delà de laquelle les coraux sont menacés par piétinement ou effleurement a été évaluée à 50 personnes/m2/an (Leujak et Ormond, 2008). Ce seuil a été proposé pour maintenir un niveau de récifs en bonne santé.
L’objectif du stage est de définir une capacité de charge pour le sentier sous-marin de l’ile aux Canards en réalisant :
 Une analyse bibliographique,
 Un diagnostic écologique (cartographie SIG),
 Une analyse statistique de la fréquentation,
 Une analyse comportementale des visiteurs,
 Une évaluation de la capacité de charge,
Nicolas RAFECAS, consultant en environnement et aménagement du littoralnicolas.rafecas@gmail.comCentre d'Initiation à l'Environnement de Nouvelle-Calédonie (CIE NC)15, rue Dr Guegan quartier latin 98 845 Nouméa
Nouvelle-Calédonie
Caractérisation en 2 dimensions des micro-environnements sédimentaires dans une colonie de HaploopsLes sédiments colonisés par des Haploops, amphipodes tubicoles, sont le lieu d'une sédimentation
différenciée qui fait de ces organismes des ingénieurs de l'environnement marin. L'objectif de ce
stage de M2 est de cartographier la composition chimique des eaux interstitielles en 2 dimensions et
à résolution submillimétrique pour des espèces comme le fer, le manganèse, l'ammonium et le
phosphore grâce à des techniques de gels (DET) en fonction de la présence des tubes de haploops et
autres figures sédimentaires biogènes (terriers, pelotes fécales, ...), analysées à partir de la plaque de
sédiment prélevée en regard de la sonde DET. Cette cartographie permettra de mieux comprendre
l'influence de ces colonies dans les flux géochimiques à l'interface eau sédiment.
Le site d'étude se trouve au large du Croisic, au Nord de l'embouchure de la Loire et sera
échantillonné au printemps par plongée sous-marine (20 m de profondeur).
Edouard METZGER, maître de conférencesEdouard.metzger@univ-angers.frUMR CNRS 6112 LPG-BIAF, Bio-Indicateurs Actuels et FossilesUniversité d'Angers
2 boulevard Lavoisier
49 045 Angers Cedex
France
Optimisation de la synthèse de caroténoïdes chez Ostreococcus tauri par ingénierie génétique de la lycopène cyclaseChez O. tauri, la synthèse des alpha et beta carotènes, fait intervenir une lycopène cyclase particulière (fusion de domaine Epsilon et Beta) dont l’expression chez E. coli permet de moduler les ratios alpha/beta carotenoïdes. (Blatt et al., 2015). Nous avons produit, par génie génétique, plusieurs mutants de la lycopène cyclase d’O. tauri.
L’objectif de ce stage est de caractériser ces mutants afin de comprendre le rôle de la lycopène cyclase d’O.tauri dans la modulation de la synthèse des alpha et beta carotenoides. L’étude permettra aussi d’orienter la voie de biosynthèse, vers les dérivés alpha (Prasinoxanthine) ou Beta (Violaxanthine, Zeaxanthine...) caroténoïdes.


François-Yves Bougetfrancois-yves.bouget@obs-banyuls.frLaboratoire d’Océanographie MicrobienneObservatoire de Banyuls sur Mer, Avenue Pierre fabre, 66650 Banyuls sur Mer
Evaluation de méthodes prophylactiques pour la lutte vis à vis de la ténacibaculose du Platax orbicularisL'élevage de poisson lune, Platax orbicularis, est la principale activité piscicole de Polynésie français avec une production de 23 tonnes en 2015. Cependant, le développement de cette filière émergente est confronté à des épisodes de morbidité récurrents. Ceux-ci surviennent une à trois semaines après le transfert en cage de poissons pré-grossis dans des cages flottantes disposées dans le lagon. Des travaux en bactériologie ont permis de montrer que Tenacibaculum maritimum, une bactérie Gram-, était responsable des mortalités. Les symptômes de la maladie sont l'apparition de tâche blanche sur le tégument des animaux, la présence de nageoires érodées, signes précédant l'apparition des mortalités.
Dans ce contexte, l'objectif de ce stage est d'évaluer des méthodes prophylactiques éco-responsables (sans utilisation d'antibiotique) permettant d'améliorer les survies à T. maritimum :
1) en évaluant l'effet de différentes conditions d'élevage, depuis l'éclosion jusqu'à l'obtention de juvéniles de 10g élevés à terre dans des installations biosécurisées puis transférés en milieu lagonaire (cage flottante) jusqu'à 50g
2) en testant l'efficacité de traitements à base d'extraits d'origine algale
Les élevages de larves puis alevins (âgés de 2 mois) seront réalisés dans une salle expérimentale biosécurisée dédiée (bacs de 210 L, circuit ouvert vs circuit recyclé,...) en comparant le référentiel d'élevage (utilisé en production) à une condition améliorée issue des travaux R&D précédemment réalisés.
Des essais in vitro seront menés pour cribler des extraits d'origine algale à propriété antimicrobienne. Dans un second temps, l'extrait le plus prometteur sera testé in vivo par voie alimentaire sur les alevins de 10g transférés en cage (lagon).

Ce stage se déroulera au Centre Ifremer du Pacifique (CIP), Vairao, à Tahiti.

Le stage sera mené sous la direction de Denis Saulnier (Ifremer), Margaux Crusot (Ifremer), Mayalen Zubia (Université de Polynésie française).

Pour candidater, merci d’envoyer un CV + une lettre de motivation à :
margaux.crusot@fremer.fr
mayalen.zubia@upf.pf
denis.saulnier@ifremer.fr
Mayalen Zubiamayalen.zubia@upf.pfUMR 241 - Ecosystèmes Insulaires Océaniens Analyse des interactions de l'Homme et de son environnementUniversité de Polynésie française - BP 6570 - 98702 Faa’a - TAHITI
Métabolome de surface de la macroalgue Taonia atomaria : Caractérisation et étude de l’impact sur la composition des communautés bactériennes associéesCe stage de Master 2 s’intègre dans l’un des domaines d’étude du laboratoire MAPIEM à savoir la caractérisation des biofilms colonisant les surfaces immergées en milieu marin au regard de la nature et des propriétés physico-chimiques de ces surfaces ainsi que des facteurs environnementaux liés aux sites d’immersion.
En milieu marin, les macroalgues présentent des surfaces sujettes à la fixation de communautés complexes de microorganismes. Ces surfaces biotiques constituent donc une zone privilégiée d’interactions entre l’algue et ces biofilms naturels, l’ensemble formant un système biologique composé de l’hôte et de son microbiome associé, appelé « holobionte ». Parmi ces interactions, le contrôle spécifique de la fixation de certaines communautés d’épiphytes est particulièrement important pour l’hôte puisqu’il existe des communautés microbiennes dont les effets sont positifs, tandis que d’autres seront néfastes pour l’algue. Des études précédentes réalisées au sein de notre laboratoire sur T. atomaria ont ainsi montré l’existence de mécanismes chimiques à l’origine d’un contrôle de l’épibiose par cette algue (Othmani et al., 2016a).
Dans le cadre de ce stage, l’objectif principal sera constitué par la poursuite de l’annotation du métabolome de surface de T. atomaria (Othmani et al., 2016b).
Le programme d’étude comportera les étapes suivantes :
- Analyse par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse haute résolution et extraction des données de métabolomique à partir d’un échantillonnage réalisé lors d’un suivi saisonnier des extraits de surface de T. atomaria,
- Analyses statistiques liant ces données métabolomiques à d’autres jeux de données (métagénomique, facteurs environnementaux, …) obtenus lors de ce même suivi,
- Analyse structurale (spectrométrie de masse) des composés de surface impliqués dans le contrôle de l’épibiose et, le cas échéant, purification et caractérisation structurale (RMN 1D & 2D, HRMS) de ces composés via une approche classique de phytochimie.
Références :
Othmani et al. (2016a). Surface metabolites of the brown alga Taonia atomaria have the ability to regulate epibiosis. Biofouling 32:801-813.
Othmani et al. (2016b). Settlement inhibition of bacteria and barnacles by molecules isolated from the Mediterranean brown seaweed Taonia atomaria. J. Appl. Phycol. 28:1975-1986.
Gérald Culioli/Benoît Paixculioli@univ-tln.frMapiem (EA 4323)Université de Toulon, 83957, La Garde, France (http://mapiem.univ-tln.fr)