Modalités de stage

Les étudiant(e)s du Master STEM auront la possibilité de faire leurs stages dans des laboratoires d’accueil nationaux et internationaux (Universités, CNRS, IFREMER…), mais aussi au sein de structures territoriales, des organismes privés de recherche ou des entreprises dans les domaines du master

En M1:

Le stage du semestre 2 a une durée de 8 semaines (env. 2 mois).

En M2 :

Le stage du semestre 4 est un stage de recherche de 20 semaines minimum (5 à 6 mois).

Propositions de stages – Master 2 MAE

Retrouvez les propositions de stages pour les étudiants de Master M2 MAE :

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Elaboration de bio capteurs electrochimiques a base de grapheneWe interest on the Fabrication of highly sensitive and selective electrochemical biosensors based on carbon nanotubes and graphene materials. The electrochemical biosensors will be fabricated based on carbon nanomaterials (graphene, carbon nanotubes) combining with metallic nanoparticles (Au, Ag, v.v.) to improve the sensitivity and selectivity in the detection of biomarkers as hCG, PSA, glucose, dopamine for clinical diagnosis. We also apply a simple method and novel approaches to prepare carbon nanomaterials and disperse them on the surface of the electrode. The electrodes used in this project are screen printed carbon electrodes, which have advantages of ease of production, high reproducibility, flexible design, low cost, mass product and disposability.Materiaux, electrochimie, experimetateurNguyen Xuan Viet/ Nguyen Xuan Hoanvietnx@vnu.edu.vn Departement de physico chimie - Universite d Hanoi
Etude des propriétés physico-chimiques et de surface de revêtements antifouling marinLe laboratoire MAPIEM (Matériaux-Polymères-Interfaces-Environnement Marin), équipe de recherche (EA 4323) rattachée à la fois à l’Ecole d’ingénieur SeaTech et à l'UFR Sciences & Techniques de l'Université de Toulon, propose un stage._x000D_ _x000D_ L’objectif de ce stage est d’étudier l’effet d'un vieillissement artificiel sur les propriétés de surface et en masse de revêtements antifouling. Ce stage sera réalisé dans le cadre d'un projet de recherche sur le développement de méthodes pour évaluer les performances de revêtements antifouling commerciaux. Différents revêtements seront analysés._x000D_ Le caractère hydrophile/hydrophobe des surfaces des revêtements testés sera évalué par des mesures d'angle de contact (étude de la mouillabilité). Des mesures de rugosité de surface seront réalisées. _x000D_ Expérience dans la caractérisation physico-chimique des matériaux organiques, Capacités de synthèse, de communication et de travail en équipe. - Rigueur dans l’exécution des analyses. - Pratique de l’anglais souhaitée. - Bonne maîtrise des outils informatiques (Word, Excel, ...).Dr. Christine BRESSYchristine.bressy@univ-tln.frLaboratoire MAPIEM (EA 4323)
Préparation de filtres par électrofilature et photopolymérisationL'électrofilature de polymères est une technologie de production des fibres que implique l'utilisation d'une haute tension entre une tête de filage et un collecteur (contre-électrode). Les fibres obtenues ont une taille micro ou nano, maximisant le rapport surface/volume, l'interconnectivité des fibres et les espaces interstitiels. L'électrofilature est ainsi une méthode efficace de produire des nattes fibreuses de polymères synthétiques et naturels, qui trouvent application comme scaffolds pour l'ingénierie tissulaire, systèmes de dosage de médicaments, filtres, emballages alimentaires. Dans le projet, on va coupler électrofilature et photopolymérisation pour la préparation de filtres : en réticulant le polymère formant les fibres on s’attend d’améliorer les propriétés mécaniques des filtres.chimie des polyméres, caracterisation des polymèresRoberta Bongiovanni Alessandra Vitaleroberta.bongiovanni@polito.itPOLYMAT Departement de Science Appliquè et Technologie Politecnico di Torino
Sandwich composites for lightweight high performance applicationsHigh specific strength and stiffness, low weight, excellent thermal insulation, acoustic sampling, and fire retardancy are just some of the excellent properties sandwich structures have to offer in structural applications. Hence, sandwich structures are commonly used in many industries such as aerospace, marine, automobile, locomotive, windmills, building, and consumer industries among others. Despite all these advantages, sandwich composites suffer sensitivity to impact loading damage, and thus are limited in their function. Low energy impact can cause structural damage to the core material, whilst the face sheet remains undamaged. This study will therefore focus on evaluating properties of a new sandwich core material (polyurethane foam) to capture properties and parameters inputs for marine a specific structure modelling and simulation.basics on materials characterisation, materials testing, FEADr James Njugunaj.njuguna@rgu.ac.ukRobert Gordon University, Aberdeen
Transparent impact protection thermoplastic compositesThere is an increasing need of having very stiff and strong materials while being optically transparent in many fields such as body armour protection, bulletproof windows, solar panels, sports or aerospace. In racing cars, there are still concerns on the limitations of the current design of the visor mounted on the helmets. While the helmet is made of state of the art materials such as carbon fibre, Kevlar or Nomex, the visor is made of a monolithic layer of common polycarbonate (PC).The visor has to be able to withstand the impact of small particles travelling at high speed and it has to avoid penetration of bigger and heavier elements in case of an impact. At the same time the visor is required to maintain high levels of transparency and flame resistance while being as lightweight as possible. The proposed study will therefore look into identifying the failure modes present on the visor in case of an impact under varying temperature conditions._x000D_ basics on materials characterisation, materials testing, FEADr James Njugunaj.njuguna@rgu.ac.ukRobert Gordon University, Aberdeen
Compression after impact strength for hybrid compositesPolymer composites have very good energy absorption even better than metals if properly tailored. However, one of the problems in the design of structures and body parts made by carbon fibre reinforced composites (CFRC) is that these materials are susceptible to a small energy impact accidentally which may cause delaminations through the thickness. Dropped tool or stone strike can cause low-energy impact on vehicular body, components and primary structures which results in significant reductions in residual compressive strength. The induced damage is called “barely visible impact damage” (BVID) and is a potential source of mechanical weakness of chassis and structures._x000D_ Nanofillers provide a new way of improving the much desired composites toughness by modifying/improving the properties of an interface. Nanofiller/polymer composites find a wide range of applications, thanks to the ability of the nanofiller to improve the mechanical, chemical, thermal and optical properties of the matrix. Among various nano-fillers, the newest and most studied class of materials is so-called 2-dimensional materials, such as graphene and its derivatives. Though graphene and nanosilica can improve the mechanical, electrical and thermal properties of composites, its efficient processing and interaction with the polymer matrix is still a challenge._x000D_ basics on materials characterisation, materials testing, FEADr James Njugunaj.njuguna@rgu.ac.ukRobert Gordon University, Aberdeen
Development of a lab scale chemical processing plant for improved oil and gas drilling solid waste recovery processThe process of drilling oil and gas wells results in large volumes of waste in the form of drill cuttings and spent mud being produced thus causing various challenges for the industry ranging from rising transportation costs to increasingly restrictive environmental regulations. This has led to technological developments for treating oil and synthetic based cuttings to ensure the environment is safe and clean. _x000D_ _x000D_ This project seeks to critically analyze the solid waste recovery process and recovered solid products with the aim of improving the process for a much more valuable end product.To recover bentonite and other precious minerals from oil and gas industry’s solid waste. The recovered minerals will be used for polymer reinforcement produce polymer powders which can be used to make oil and gas equipment. _x000D_ _x000D_ Conventional drilling cuttings waste treatment focuses on the treatment of drilling cuttings for disposal or disposal and landfill purposes. This project will outline procedures to treat drilling cuttings to produce polymer mineral powders which can be used employed to produce polymers for equipment used in the oil and gas industry (eg. pipes)._x000D_ Materials characterisation, engineering design, Dr James Njugunaj.njuguna@rgu.ac.ukRobert Gordon University, Aberdeen
Etude de membranes amphotères conductrices ioniques à base de polymères pour batteries souples (PMFCE)Les membranes polymères échangeuses de protons (PEM) sont aujourd'hui largement étudiées pour leur fort potentiel à être utilisées dans les piles à combustibles en remplacement du Nafion, référence actuelle, qui présente certaines limites notamment en température. Dans cette perspectives, des membranes originales à base de Polysulfone sulfoné(SPSU) et/ou de Polyetherethercétone sulfoné (SPEEK) ont été élaborées en incorporant différentes charges, fonctionnalisées ou pas, pour en améliorer les propriétés mécaniques. _x000D_ L’objectif de ce travail est de caractériser les propriétés physico-chimiques des nouvelles membranes à base de polymère . Dans un premier temps, il s'agira dd'étudier l’influence de l’incorporation de nanoparticules inorganiques sur les comportements thermiques et thermomécaniques des membranes composites. Les surfaces de nanoparticules pourront être modifiées chimiquement par des agents hydrophiles ou hydrophobes. Dans un second temps, il faudra évaluer ces comportements en fonction de certains paramètres intervenant lors de l’étape d’élaboration._x000D_ gout pour l'expérimentation, curiosité scientifique, autonomie, motivation, esprit critiqueAhmad FAHS/ JF CHAILANchailan@univ-tln.frLaboratoire MAPIEM

 

Propositions de stages – M2 CHARME

Retrouvez toutes les propositions de stages pour les étudiants de Master 2 CHARME :

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Extraction sélective de d'antimoine dans des déchets. Des teneurs significatives en antimoine, élément classé « matière première critique » par l’Union Européenne, sont observées dans des plastiques après tri. En collaboration avec un éco-organisme et un_x000D_ industriel traiteur de déchets, une fraction riche en antimoine sera isolée dans un flux de déchet et incinérée. L’étude portera l’extraction et la purification au laboratoire de l’antimoine à partir des mâchefers d’incinération. Après étude bibliographique, différentes extractions solide/liquides et différents traitements de la solution d'extraction seront étudiés pour aboutir à un concentré répondant à des spécifications techniques. Cette contribution significative à l’économie circulaire pourrait se poursuivre après le stage._x000D_ ChimieNicolas ROCHE - Pierre HENNEBERTPierre.Hennebert@
ineris.fr
Aix-Marseille Université, laboratoire M2P2 (UMR7340), Aix-en-Provence
Etude de la variabilité du CO2 atmosphérique en région PACA et Méditerranée côtière.Ce stage de Master 2 est proposé dans le cadre du projet AMC (Aix-Marseille Pilot Study, 2016-2019). Dans le contexte du changement climatique, le projet AMC est une première étude pilote vers l’implémentation d’un Observatoire pérenne du Carbone en région PACA et Méditerranée côtière. Aujourd’hui, plus de 70% des émissions de CO2 fossiles globales proviennent des régions urbanisées et industrialisées comme la métropole d’Aix-Marseille. Les processus de combustion associés conduisent également à l’émission d’autres composés atmosphériques comme les aérosols carbonés ou le CO. De plus, du fait de ses caractéristiques géographiques, la région PACA est très exposée à des dommages liés au changement climatique. Cependant, le budget du carbone (CO2, aérosols…) dans la région d’Aix-Marseille est peu compris, de même que les impacts éventuels des émissions anthropiques de cette métropole sur la composition et les propriétés physico-chimiques - notamment radiatives - de l’atmosphère, et sur les écosytèmes terrestres et marins environnants. Afin de progresser sur ces questionnements, AMC est un projet pluri-disciplinaire dédié au CO2 ayant pour but de lancer une synergie entre les méthodes d’observation et de modélisation du CO2 en région PACA et Méditerranée côtière en intégrant les composantes atmosphérique, terrestre et marine du CO2. _x000D_ _x000D_ Lors de ce stage, l’étudiant(e) analysera la variabilité des séries continues de CO2 atmosphérique et d’autres espèces issues des processus de combustion (CO, aérosols…) enregistrées sur les sites d’Endoume et de Cinq Avenues à Marseille, ainsi qu’à l’Observatoire de Haute Provence. L’étudiant(e) devra calibrer les jeux de données et réaliser leur contrôle qualité. Il/elle analysera la variabilité du CO2 et d’autres espèces permettant de tracer les émissions anthropiques (CO, aérosols…) aux échelles diurnes, synoptiques et saisonnières en relation avec plusieurs facteurs contrôlant (flux de surface anthropiques, biosphériques, marins ; paramètres de dynamique atmosphérique, notamment direction et vitesse du vent, température et hauteur de couche limite). Ce travail se fera en collaboration avec AIRPACA (Association de Surveillance de la Qualité de l’Air en PACA). L’étudiant(e) pourra être amené(e) à participer à des missions de terrain sur les sites de mesures du CO2. _x000D_ _x000D_ Ce travail aidera à mieux comprendre la représentativité des trois sites de mesures pour suivre la concentration atmosphérique du CO2 dans la région d’Aix-Marseille. Une poursuite de ce travail en thèse de Doctorat est fortement souhaitée. Le projet AMC est financé par le Labex OT-MED (http://www.otmed.fr) qui regroupe 10 laboratoires de recherche et la fédération de recherche ECCOREV où exercent des spécialistes de domaines variés (sciences de l’environnement ; sciences sociales et économiques). _x000D_ Des compétences en logiciel d'analyse seraient bienvenues (R, Matlab...)Dr Irène Xueref-Remyirene.xueref@
lsce.ipsl.fr
MIO (Mediterranean Institute of Oceanography)
Apports et dynamique des métaux traces dans la Rade de ToulonCette étude s'inscrit dans le cadre des projets METFLUX (Evaluation des flux de métaux traces en zone côtière méditerranéenne – application à la Rade de Toulon, 2016-2019), PREVENT (PRotection du littoral méditerranéen: EValuation, surveillancE, conséqueNces, impacT économique et sociétal – Application à la Rade de Toulon, 2015-2017) et de l'action MERITE (Marine Ecosystem Response to the Input of conTaminants in the coastal zonE, 2016-2020) du chantier national MERMEX (Marine Ecosystem Response in the Mediterranean Experiment)._x000D_ L'objectif de ce stage sera de mettre en place une méthodologie pour étudier: (1) les apports en métaux traces par temps sec et par temps de pluie des rivières (Las, Eygoutier), (2) la dynamique des métaux traces dans le gradient de salinité à l'embouchure de ces rivières, et (3) la distribution spatiale 3D des concentrations en métaux traces dans la Rade de Toulon._x000D_ S'appuyant sur la méthodologie mise en place, différentes campagnes de prélèvements (prélèvements ponctuels, intégrateurs passifs, préleveurs automatiques, transect, mapping de surface et profils verticaux, …) seront réalisées. Les différents échantillons ainsi obtenus seront étudiés par un panel d'approches analytiques pour déterminer les concentrations dissoutes et particulaires en métaux traces ainsi que les concentrations de variables majeures (COD, CID, MES, …)._x000D_ En outre, une part du travail de stage consistera à mettre en œuvre l'outil VIPPlus (Voltammetric In situ Profiling system, Idronaut) récemment acquit par le laboratoire PROTEE, permettant de mesurer les concentrations en métaux in-situ._x000D_ chimie analytique, chimie de l'environnement, terrain, mesures in-situCédric Garnier et Gaël Durrieucgarnier@
univ-tln.fr
PROTEE
Extraction et caractérisation des substances humiques d'une série temporelle de maturation d'un compostDans le cadre du projet ADEME/DOSTE ODIAMAC il est prévu de suivre la stabilisation et la maturité d'un compost mixte de boue de station d’épuration et de déchet vert. Une des paramètres de bonne qualité des composts est la présence des substances humiques. Le stage consiste en l'extraction exhaustive de la matière organique par le procédé IHSS et de quantifier le pourcentage de substance humique, fulvique et non humifiée dans des échantillons de compost pris du début à la fin du processus de fabrication du compost. Une fois les matières extraites une caractérisation chimie sera faite (C/N, RMN, fluorescence, UV-Vis, ...) afin de déterminer les processus d'humification de ce compost, et de vérifier la qualité des substances humiques du début à la fin du process. bon-ne manipulateur-trice, gout pour la chimie et l'analyse, rigueur scientifique, autonomie, motivation, esprit critiqueS. Mounier (PROTEE) / P. Prudent (LCE)mounier@
univ-tln.fr
Stéphane MOUNIER
Variations saisonnières de la concentration en mercure dans le muscle de deux espèces de rougets.Les rougets sont des organismes largement utilisés dans l’ensemble du bassin Méditerranéen dans le cadre de nombreux travaux pour le suivi de la contamination chimique dans les organismes de haut niveau trophique. Leur suivi est notamment recommandé dans le cadre des conventions des mers régionales (OSPAR et MEDPOL). Depuis 2012 le LER/PAC a débuté la constitution d’une banque d’échantillons de muscle de rougets collectés essentiellement dans le cadre de programmes nationaux et internationaux de surveillance du milieu marin (DCE et DCSMM). Nous souhaitons aujourd’hui utiliser cette collection unique afin de mieux appréhender les variations spatio-temporelles de la concentration en contaminants chimiques dans les espèces de haut niveau trophique. Ces travaux visent deux objectifs : i) mieux définir les protocoles des réseaux de suivi DCSMM (où prélever ? A quelle période ? A quelle fréquence ?) et ii) appréhender l’impact des facteurs biologiques et comportementaux sur l’accumulation de contaminants modèles comme le Hg._x000D_ _x000D_ Les travaux effectués dans le cadre de stage « Master 2 » viseront à : i) contribuer à documenter les niveaux de Hg mesurés dans les tissus de rouget prélevés dans le cadre de la campagne CONTAMED 2017 et ii) contribuer à l’identification des facteurs biologiques et environnementaux contrôlant la bioaccumulation du Hg._x000D_ _x000D_ Le candidat retenu devra disposer idéalement d’une compétence en chimie analytique et/ou une connaissance du fonctionnement des réseaux trophiques. Une connaissance des outils de statistiques descriptives serait un plus._x000D_ Chimie analytique, réseaux trophiquesMarc Bouchouchamarc.bouchoucha@
ifremer.fr
Ifremer / Laboratoire Environnement Ressources Provence Azur Corse
Mise en place d’un protocole d’extraction et dosage du bisphenol A (BPA) et ces composés phénoliques associés dans des matrices environnementales et des plastiques par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en mode temps de vol (LC-Q-TOF)Contexte scientifique & objectifs_x000D_ _x000D_ Depuis une cinquantaine d’années, les usages domestiques, les activités agricoles et de construction ont introduit dans les écosystèmes des macro- et des micro-débris constitués pour 40-80% de plastiques, issus des emballages de marchandises commerciales, industrielles, agricoles ou de la construction du bâtiment (polyvinyle chlorure, PVC). En Méditerranée, les quantités de particules plastiques flottantes se chiffrent en centaines de milliards (Colligon et al. 2012) et constituent un risque significatif d'apport de contaminants. Ces plastiques sont essentiellement des dérivés de polyéthylène à basse et haute densité, des polyéthylènes tétraphtalate du PVC, du polypropylène, et du polystyrène. Les plastiques contiennent par ailleurs, un panel d’autres composés chimiques comme les additifs (injectés aux plastiques en phase finale de production) et des molécules adsorbées sur la surface des débris de plastique quand ceux-ci sont introduits dans l’environnement. Les additifs des plastiques comme les plastifiants (phtalates et Bisphenol A (BPA)) et les retardateurs de flamme ne sont pas liés chimiquement au polymère plastique et peuvent être diffusés vers l’environnement et s’incorporer dans la chaîne trophique des systèmes aquatiques._x000D_ Au delà de l’aspect contaminant des plastiques, la BPA et ses composés associés (alkylphénols) se trouvent dans plusieurs produits utilisés dans la vie quotidienne. Par exemple les scellants dentaires, les couches de revêtement des boites de conserve, les capsules des bouteilles, les CD et les DVD, les équipements électroniques, et les automobiles contiennent aussi en partie du BPA. En outre, les papiers thermiques contiennent du BPA sous forme libre ou non-polymérisée (2.3% par poids) et par conséquent une contamination en BPA peut se produire lors du recyclage du papier (Mendum et al., 2011 ; Greens et al., 2012). De manière intéressante, la demande mondiale de BPA était supérieure à 6.5 milliards des tonnes en 2012 et on estime qu’elle augmentera avec un taux de 5% d’ici 2019. En raison de cette énorme utilisation de ces produits, le BPA se disperse dans plusieurs environnements (sols, eau de mer, lixiviats de décharge, rejets des stations d’épuration ; Im and Loffler, 2016). Il a été récemment identifié dans des échantillons d’urine humaine (Ye et al., 2015). D’autres études ont montré que la BPA et les alkylphenols sont bioaccumulables, interviennent sur les systèmes endocriniens des organismes vivants et présentent un caractère néfaste pour la santé humaine2. Par ailleurs, ces contaminants cibles présentés ci dessus sont déjà inscrits dans les principales directives européennes régulant la production et l’utilisation des produits chimiques (e.g. WFD, MSFD et REACH)._x000D_ Finalement, il est à noter que très peu des données existent actuellement sur les concentrations de ces composés dans des matrices environnementales et surtout en Mer Méditerranée. Les objectifs principaux alors de ce sujet de stage seront :_x000D_ (1) La mise en place d’un protocole d’extraction des ces composés d’intérêt (BPA et alkyl phénols) des échantillons environnementaux._x000D_ (2) Effectuer des mesures de ces composés par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse (LC-Q-TOF)._x000D_ _x000D_ Les analyses de BPA et les composés associés vont être réalisés à des divers échantillons (particules à vitesse de sédimentation rapide, eau de mer, particules atmosphériques (PM10), sédiments) ainsi que des substances plastiques de référence. Ces échantillons vont être collecté courant 2016 au cadre du projet Blue-Polut (Agence de l’Eau)._x000D_ _x000D_ Collignon et al. 2012. Neustonic microplastic and zooplankton in the North Western Mediterranean Sea. Mar. Pollut. Bull. (2012), doi:10.1016/j.marpolbul. 2012.01.011._x000D_ Geens, T.; Aerts, D.; Berthot, C.; Bourguignon, J. P.; Goeyens, L.; Lecomte, P.; Maghuin-Rogister, G.; Pironnet, A. M.; Pussemier, L.; Scippo, M. L.; et al. A review of dietary and non-dietary exposure to bisphenol-A. Food Chem. Toxicol. 2012, 50 (10), 3725−3740._x000D_ Im, J., and F.E. Loffler 2016._x000D_ Marklund, A., Andersson, B., Haglund, P. 2005. Organophosphorus flame retardants and plasticizers in air from various indoor environments. J. environ. monitor. 7: 814-819._x000D_ Mendum, T.; Stoler, E.; VanBenschoten, H.; Warner, J. C. Concentration of bisphenol A in thermal paper. Green Chem. Lett. Rev. 2011, 4 (1), 81−86. Fate of Bisphenol A in Terrestrial and Aquatic Environments. Environ. Sci. Technol. 50:8403−8416._x000D_ Ye, X.; Wong, L.-Y.; Kramer, J.; Zhou, X.; Jia, T.; Calafat, A. M. Urinary concentrations of bisphenol A and three other bisphenols in convenience samples of U.S. adults during 2000−2014. Environ. Sci. Technol. 2015, 49 (19), 11834−11839.Chimie analytiqueChristos Panagiotopoulos & Richard Sempéréchristos.panagiotopoulos@
mio.osupytheas.fr
Institut Mediterranéan d'Océanologie
Composition chimique et devenir de la matière organique particulaire et dissoute (MOP & MOD) en Océan Arctique (projet Green-Edge)Contexte scientifique & objectifs :_x000D_ _x000D_ L’étude de la matière organique dissoute (MOD ou DOM) en milieu marin est l’un des aspects majeurs de la compréhension du cycle du carbone et du changement climatique, mais sa composition et réactivité biogéochimique sont très largement inconnues à ce jour. En effet, la structure chimique des composés organiques conditionnent leur dégradabilité vis-à-vis des bactéries et donc leur transformation en CO2 (gaz à effet de serre) par respiration. L’augmentation du taux de CO2 anthropique a entrainé une recherche approfondie sur les capacités des océans à séquestrer le carbone organique (sous forme de DOM ou POM) à long terme (Jiao et al. 2010 ; Carlson and Hansell 2015). Ainsi la quantification, la prédiction des variations spatio-temporelles et la dynamique de la MOD le long de la colonne d’eau océanique étaient et restent les objectifs majeurs de l’océanographie (Repeta, 2015). Malgré que l’Océan Arctique constitue un des plus petits océans du monde avec une superficie de 14 millions Km2, depuis le début du 21ème siècle a reçu une attention particulière de la part des scientifiques en raison de réchauffement climatique qui se ressent à l’Océan Arctique 2-3 fois plus intense que le reste du monde. D’autres modifications liés à ces modifications qui se passent à l’Océan Arctique et sont liées aussi au changement climatique comprennent : la fonte des glaces, la modification de la circulation océanique, l’augmentation des débits des fleuves et une augmentation de la pénétration du rayonnement UV._x000D_ Dans ce contexte, une fonte des glaces accélérée engendra une modification de la quantité de la matière organique (MO) injectée dans le système Arctique ce qui impactera la réactivité bactérienne et probablement toute la chaîne trophique (Ardyna et al., 2011 ; Arrigo et al., 2012 ; Belanger et al., 2013 ; Tremblay et al., 2012). Afin de suivre le devenir et les changements de la composition chimique de la MO particulaire et dissoute qui entre dans le réseau microbien (Panagiotopoulos et al., 2014) et/ou se dégrade par des voies abiotiques (photodégradation/autoxidation) (Rontani et al., 2013) nous proposons de réaliser une étude plus approfondie au niveau moléculaire de composés labiles ou semi labiles tels que les_x000D_ monosaccharides (obtenus après hydrolyse des polysaccharides). Cette étude devrait permettre de mieux appréhender la labilité, les temps de recyclage, et donc les temps de turnover de cette MO._x000D_ Les objectifs principaux de ce sujet de stage seront :_x000D_ (1) l’évaluation de la distribution temporelle du carbone organique particulaire et dissous (COP & COD) en effectuant des mesures du COD and COP._x000D_ (2) l’étude de la distribution temporelle de la MO labile par dosage des composés labiles tels que les sucres._x000D_ Les analyses du COP, COD, et sucres vont être réalisés à des divers échantillons (particules à vitesse de sédimentation rapide, eau de mer, glace fondue, particules atmosphériques (PM10), neige, et melt pond). Ces échantillons ont été collecté lors deux floraisons successives printanières en 2015 et 2016 (mi Avril-mi Juin en camp de glace) ainsi que lors d’une mission océanographique effectué dans la baie de Baffin (Juin-juillet 2016)._x000D_ _x000D_ Références :_x000D_ Ardyna, M., et al., 2011. Mar. Ecol. Prog. Ser. 2011, 442, 37-57._x000D_ Arrigo, K. R., et al., 2011. J. Geophys. Res. 2011, 116, C09011._x000D_ Bélanger, S., et al., 2013. Biogeosciences, 10, 4087-4101._x000D_ Carlson and Hansell 2015. In Biogechem. of dissolved organic matter. pp 66-103._x000D_ Jiao et al. 2010. Nature 8 : 593-599._x000D_ Panagiotopoulos, C. et al., 2014. Mar. Chem. 166 :92-102._x000D_ Repeta, 2015. .In Biogechem. of dissolved organic matter.pp 22-58_x000D_ Rontani, J.-F., et al., 2013. Biogeosciences, 9, 4787-4802._x000D_ Tremblay, J.-É., et al., 2012. Climatic Change, 1-18._x000D_ Chimie analytiqueChristos Panagiotopoulos & Richard Sempéréchristos.panagiotopoulos@
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Institut Mediterranéan d'Océanologie

Propositions de stages – M2 BIOMAR

Retrouvez les propositions de stages pour les étudiants de Master 2 :

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Définition d'un seuil de fréquentation (capacité de charge) du sentier sous-marin de l'île aux Canards, Nouméa, Nouvelle- CalédonieLa fréquentation de l’ile aux Canards depuis ces dernières années, (60 000 visiteurs en 2015) devient une menace constante pour la préservation du patrimoine naturel de ce site touristique, en particulier, le récif corallien dont le CIE NC gère et anime depuis 2001 le sentier sous-marin._x000D_ La capacité de charge au-delà de laquelle les coraux sont menacés par piétinement ou effleurement a été évaluée à 50 personnes/m2/an (Leujak et Ormond, 2008). Ce seuil a été proposé pour maintenir un niveau de récifs en bonne santé._x000D_ L’objectif du stage est de définir une capacité de charge pour le sentier sous-marin de l’ile aux Canards en réalisant :_x000D_  Une analyse bibliographique, _x000D_  Un diagnostic écologique (cartographie SIG),_x000D_  Une analyse statistique de la fréquentation,_x000D_  Une analyse comportementale des visiteurs,_x000D_  Une évaluation de la capacité de charge,_x000D_ Nicolas RAFECAS, consultant en environnement et aménagement du littoralnicolas.rafecas@
gmail.com
Centre d'Initiation à l'Environnement de Nouvelle-Calédonie (CIE NC)15, rue Dr Guegan quartier latin 98 845 Nouméa_x000D_ Nouvelle-Calédonie
Les effets de l’éruption volcanique du Laki sur la biogéochimie de l’Atlantique Nord: quantification d’un épisode naturel d’acidification.L’éruption volcanique de la fissure du Laki a libéré des quantités importantes de soufre entre mai et octobre 1783. Alors que les conséquences sur la végétation terrestre de l’Islande et de l’Europe du nord sont bien documentées, aucune étude n’a à ce jour évalué les impacts de l’éruption sur la biogéochimie marine. Nous disposons d’une réévaluation récente des émissions de soufre, ainsi que du transport et du dépots des aérosols soufrés. Ces aérosols se transforment en acide sulfurique au contact avec la phase aqueuse. Ils ont donc un effet direct sur la concentration en ion hydrogène de l’eau de mer et donc sur le pH. L’étudiant analysera les sorties d’un ensemble de simulations obtenues à partir du modèle NEMO/PISCES. Il évaluera l’impact de l’épisode LAKI sur la géochimie des carbonates (e.g. pH, niveau de saturation des eaux par rapport à la calcite). Il quantifiera l’ampleur de l'acidification et les cinétiques associées au phénomène.Marion GEHLENmarion.gehlen@
lsce.ipsl.fr
Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement (IPSL/LSCE)Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement_x000D_ Institut Pierre Simon Laplace_x000D_ LSCE/IPSL_x000D_ UMR CEA-CNRS-UVSQ_x000D_ CEA Saclay_x000D_ Orme des Merisiers Bat. 712_x000D_ 91191 Gif-sur-Yvette cedex_x000D_ France
Analyse automatisée à basse et haute fréquences des micro-organismes auto- et hétérotrophes (procaryotes) par cytométrie en flux : Application aux milieux naturels et à des échantillons issus de filières de production d’eau potable.Le plancton est un compartiment biologique majeur de l’écosystème. Le phytoplancton est responsable de plus de la moitié de la production primaire de la planète. Les procaryotes hétérotrophes sont les principaux responsables de la minéralisation de la matière organique et de la régénération des sels nutritifs._x000D_ La cytométrie en flux est une des méthodes d’investigation à l’échelle cellulaire qui s’impose de plus en plus en microbiologie, et notamment dans l’étude de l’ultraplancton (taille < 10 µm). Elle permet une analyse non destructrice à haut débit des cellules (jusqu’à plusieurs milliers par seconde). Ces cellules sont entraînées par un liquide vecteur et sont interceptées, une par une, par une source lumineuse (un ou plusieurs lasers). Les propriétés optiques de diffusion de la lumière et d’émission de fluorescence permettent de discriminer les cellules présentes en différents groupes. Cela permet de déterminer ensuite l’abondance cellulaire de ces groupes._x000D_ En microbiologie aquatique, et marine en particulier, l’analyse rapide permet l’étude de la distribution des assemblages microbiens autotrophes et hétérotrophes à une fréquence hors de portée des méthodes plus conventionnelles. Elle n’intervient pas en remplacement de ce qui se fait traditionnellement, mais plutôt en complément des analyses à basse résolution (séries temporelles). Si l’analyse cytométrique reste pour le moment ataxonomique, son couplage avec la prise d’images ou les sondes fluorescentes peut déboucher sur un lien taxonomique._x000D_ La Plate-forme Régionale de Cytométrie pour la Microbiologie (PRECYM ; https://precym.mio.univ-amu.fr/) de l’Institut Méditerranéen d’Océanologie – M.I.O - (http://mio.pytheas.univ-amu.fr/) est déjà équipée d’un type particulier de cytomètre en flux, un modèle CytoSense (Dubelaar et al., 1999, Dubelaar et Jonker, 2000, Thyssen, 2008; Thyssen et al., 2008a,b; 2009, 2010) conçu spécialement pour l’analyse des micro-organismes aquatiques. Cet instrument est le seul cytomètre en flux commercialisé qui, par sa conception : _x000D_ - Inclut l’enregistrement du profil des signaux générés par les particules (cellules) lors de leur interception par un faisceau laser _x000D_ - Permet l’analyse de particules (cellules) dans la gamme 0,5-1000 µm et de chaînes Cette information complémentaire, qui autorise l’analyse de chaînes de cellules, n’est pas disponible sur des cytomètres conventionnels limités à la classe de taille < 10 μm._x000D_ - Inclut la prise d’images des cellules._x000D_ _x000D_ Aujourd’hui, comme prévu lors de l’acquisition d’un cytomètre Cytosense optimisé pour les petites particules (version « Cytopro »), la plate-forme PRECYM s’efforce de compléter l’instrument avec un module automatisé de coloration et d’incubation « CYTOPRO » qu’elle a conçu en collaboration avec la société Cytobuoy. Ce module destiné à l'incubation automatisé des échantillons en conditions contrôlées avec un ou plusieurs fluorochromes (colorants fluorescents) est indispensable pour détecter et analyser à haute fréquence les micro-organismes hétérotrophes (non fluorescents naturellement) par l’intermédiaire du cytomètre Cytosense. Ces nouvelles capacités ouvrent la voie à de nouvelles applications que PRECYM mettra à la disposition de ses utilisateurs, et notamment d’une importante société spécialisé dans l’approvisionnement en eau potable._x000D_ Un des objectifs de ce stage est de participer aux phases de tests de ce module CYTOPRO prototype en se focalisant sur la détection des procaryotes hétérotrophes non seulement en milieu aquatique classique (milieu marin et eau douce) mais également dans des échantillons d’eau issus des filières de traitement d’eau potable d’une société Française qui souhaite s’équiper de cette technologie novatrice. En parallèle, les organismes photosynthétiques seront également recherchés dans ces mêmes échantillons. L’étudiant(e) sélectionné(e) aura l’opportunité de travailler sur une technologie innovante, en collaboration à la fois avec un laboratoire public (le MIO sur Marseille) et une entreprise privée (à Paris). _x000D_ _x000D_ La plateforme PRECYM est également impliquée dans l’analyse par cytométrie d’échantillons issus de séries temporelles qui étudient la dynamique de l’écosystème marin en Méditerranée, en milieu côtier (réseau national des stations marines SOMLIT) et hauturier (programme MOOSE). Depuis plusieurs années, les abondances des assemblages ultraplanctoniques ont été déterminées par cytométrie en flux à une fréquence de une à deux fois par mois dans la baie de Marseille (site SOLEMIO), la baie de Villefranche/mer, à Banyuls-sur-mer et au large de Toulon (site ANTARES). Ces données sont complétées par des mesures environnementales (température, conductivité, sels nutritifs, concentration en oxygène dissous, pH, etc.). Un second objectif de ce stage est de travailler sur ces données multivariées afin d’en extraire des informations pertinentes sur les relations qui existent entre ces assemblages microbiens planctoniques et le forçage environnemental associé, un sujet d’actualité dans le contexte du changement global._x000D_ _x000D_ M. GREGORI Géraldgerald.gregori@
mio.osupytheas.fr
Institut Méditerranéen d'Océanographie (M.I.O)Campus de Luminy, Bâtiment OCEANOMED, 13288 Marseille cedex 9
Etude de l’adhésion de l’huître creuse C. gigas au stade larvaire : localisation cellulaire de l’expression de gènes codant des protéines potentiellement adhésives.Le stage s’intègre dans la thèse de Valentin Foulon (thesesenbretagne.ueb.eu) qui a pour but la caractérisation de nouveaux bioadhésifs d’origine marine à partir de l’étude de l’adhésion de l’huître creuse Crassostrea gigas. _x000D_ Durant sa vie larvaire, l’huître creuse est pélagique jusqu’au stade pédiveligère (Figure 1). Ce stade est marqué par l’apparition d’un organe spécifique : le pied. Le pied a une fonction motrice et sensitive, il permet à la larve d’explorer le substrat, c’est la phase de crawling. Lorsque la zone explorée est favorable, la larve sécrète par l’intermédiaire du pied une substance adhésive qui la fixe définitivement à son substrat (Cranfield 1973a, b, c, 1974, 1975). Malgré l’importance cruciale de l’étape de fixation dans le cycle de vie de l’huître, aucune étude n’a préalablement été menée sur le processus d’adhésion de C. gigas. Nous souhaitons donc décrire et caractériser l’adhésif produit par l’huître creuse._x000D_ Au cours de la 1ère année de thèse, la composition chimique générale de l’adhésif a été déterminée par spectrométrie (FTIR, XPS, EDX). Des analyses en protéomique ont permis de détecter des protéines candidates, i.e. présentant des caractéristiques qui laissent à penser qu’elles seraient impliquées dans le processus d’adhésion. Afin de valider ou non l’implication des protéines candidates dans le processus d’adhésion, la localisation au sein des larves de C. gigas, plus spécifiquement au sein du pied, de l’expression des gènes codant ces protéines est requise. _x000D_ Ainsi l’objectif de ce stage est de déterminer les profils d’expression au niveau cellulaire des protéines candidates par la technique d’hybridation in situ (Fabioux et al., 2004, Hohagen et al., 2015). _x000D_ Un élevage larvaire de C. gigas en conditions contrôlés permettra d’acquérir le matériel biologique nécessaire aux différentes expérimentations. Pour chaque protéine candidate, des sondes ARN spécifiques seront produites. Les sondes seront ensuite hybridées sur des coupes histologiques et des organismes entiers (whole mount), ceci pour localiser au mieux le marquage. Les sondes seront marquées par digoxygenine (ISH) ou par fluorochromes (FISH). _x000D_ _x000D_ L’ensemble de ces travaux permettra d’améliorer la compréhension des mécanismes et des molécules impliquées dans l’adhésion de l’huître creuse._x000D_ A terme, la valorisation d’un bioadhésif naturel issu de l’huître creuse est envisagé._x000D_ Claire Hellio, Valentin Foulonvalentin.foulon@
univ-brest.fr
IUEM LEMAR UMR6539Laboratoire des Sciences de l’Environnement Marin (LEMAR), UMR6539 CNRS/UBO/IRD/Ifremer, Institut Universitaire Européen de la Mer, Place Nicolas Copernic, Technopôle Brest-Iroise, 29280 Plouzané
Colonisation et dégradation des plastiques par les microorganismes marinsLes plastiques représentent environ 80% des déchets retrouvés en milieu marin, estimés à 8 millions de tonnes qui rejoignent chaque année l’océan. Ces déchets ont des durées de vie de plusieurs dizaines d’années et constituent des supports à long terme pour la colonisation et le transport des microorganismes qui y forment des biofilms. _x000D_ Nous proposons de caractériser les biofilms qui colonisent les plastiques (« la plastisphère ») en utilisant des outils récents de la métagénomique à partir d’échantillons que nous avons collectés lors de la campagne TARA-Méditerranée et lors de suivis de colonisation de différents types de plastique (plastiques conventionnels, oxo-dégradables ou bio-sourcés) dans le Parc Naturel Marin du Golfe du Lion. Nous étudions également la biodégradation des plastiques par les communautés bactériennes naturelles et par des souches isolées, en utilisant des outils de la transcriptomique couplée à des mesures d'activités microbienne et de respiromètrie._x000D_ Ces recherches seront réalisées au sein de l’équipe «Ecotoxicologie et ingénierie microbienne marine» dirigée par JF Ghiglione, et en collaboration avec les partenaires du programme ANR-OXOMAR (coordinateur JF Ghiglione)._x000D_ Site internet de l'équipe d'accueil: http://lomic.obs-banyuls.fr/fr/axe_4_ecotoxicologie_et_ingenierie_metabolique_microbienne.htmlJean-François GHIGLIONE, directeur de recherche CNRS ghiglione@
obs-banyuls.fr
Observatoire Océanologique de BanyulsLaboratoire d'Océanographie Microbienne - UMR 7621_x000D_ 66650 Banyuls sur mer
Comportements sociaux au sein des biofilms oléolytiquesLes microorganismes sont capables d’interagir entre eux. Une population peut avoir des effets positifs ou négatifs sur une autre au sein d’une même espèce ou entre plusieurs espèces. Les comportements sociaux sont favorisés par l’environnement, par exemple dans la lutte pour une ressource nutritive ou pour un habitat. _x000D_ La conquête du substrat dans un milieu marin très dilué induit potentiellement de la compétition pour l’accès à ce substrat. Les populations bactériennes sont souvent intimement liées, que ce soit en adhérant à la même particule en suspension dans l’eau de mer ou au sein de biofilms, par exemple. Certaines souches sont ainsi capables d’empêcher la formation de biofilm par d’autres souches considérées comme compétitrices._x000D_ Nous nous intéresserons aux potentiels comportements sociaux qui peuvent avoir lieu entre des bactéries dégradants des composés organiques hydrophobes. Les biofilms oléolytiques, c’est-à-dire se formant sur des lipides ou des hydrocarbures dans le but de les métaboliser, semblent former un environnement favorable aux comportements sociaux._x000D_ Il s’agira de réaliser des expériences mettant en jeu des souches bactériennes dans des biofilms mixtes afin de mettre en évidence d’éventuels comportements sociaux entre elles. Pour cela, le suivi de la formation de biofilm, la quantification spécifique des souches et une analyse de signaux de communication devront être réalisés.Pr. Régis Grimaudregis.grimaud@
univ-pau.fr
Equipe Environnement et MicrobiologieUniversité de Pau et des Pays de l'Adour_x000D_ IPREM - UMR 5254_x000D_ IBEAS - BP 1155_x000D_ 64013 PAU
Etude des biofilms de Vibrio et développement d’une qPCRLe stage s’inscrit dans la thématique « Vibrio » qui a pour buts :_x000D_ 1) de développer des méthodes de détection (ou de surveillance) des espèces présentant un risque pour la santé humaine et animale,_x000D_ 2) de comprendre l’établissement de biofilms de Vibrio in vitro et dans l’environnement naturel,_x000D_ 3) d’étudier l’impact des facteurs environnementaux sur la dynamique des communautés microbiennes en bassins d’élevage,_x000D_ 4) d’acquérir des données sur le comportement et la persistance de Vibrio en aquaculture, afin d’établir des méthodes de lutte contre la vibriose._x000D_ La (Le) stagiaire aura deux principales missions, rattachées respectivement aux projets FranceAgriMer SURVIB et VIDEO._x000D_ 1. Projet SURVIB_x000D_ Le projet FranceAgriMer SURVIB porte sur l’étude de la capacité de bactéries marines Vibrio (Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholerae, Vibrio vulnificus) à former des biofilms sur coupons inox, selon différentes conditions environnementales (T°C et milieux). Les souches ont été préalablement isolées de produits de la mer. La cinétique de formation du biofilm sera étudiée au cours du temps : les coupons inox seront écouvillonnés pour permettre un dénombrement des bactéries adhérées sur milieu gélosé et l’ADN sera extrait pour les analyses en PCR quantitative en temps réel (qPCR). La proportion de bactéries VNC (Viables Non Cultivables) sera notamment évaluée par qPCR avec traitement préalable au PMA (Propidium Monoazide). Les résultats obtenus par comptage des colonies sur gélose, qPCR et qPCR-PMA seront analysés et interprétés pour rendre compte des proportions de bactéries vivantes, mortes et VNC. De plus, un marquage avec le kit Live/Dead permettra de distinguer les cellules vivantes des cellules mortes au microscope._x000D_ 2. Projet VIDEO_x000D_ La (le) stagiaire se consacrera dans un premier temps à tester des amorces PCR sur différentes souches de Vibrio, le but étant de mettre en place une PCR en temps réel dédiée au genre Vibrio. Si les premiers essais sont concluants, les paramètres de la méthode tels que la spécificité, l’efficacité et les limites de détection seront déterminées. Dans le cas contraire, d’autres couples d’amorces seront dessinés d’après la littérature et des recherches dans les banques de données, puis testés._x000D_ Le stage pourra déboucher sur une poursuite en thèse, après obtention d’un financement et sous réserve de l’adéquation du candidat._x000D_ La (le) stagiaire sera affecté(e) à l’Institut Charles Viollette EA 7394 au sein de l’Unité Biochimie des Produits Aquatiques (BPA) de l’Université du Littoral Côte d’Opale (ULCO). Les expériences seront effectuées au laboratoire Anses, Département des Produits de la Pêche et de l’Aquaculture à Boulogne sur mer._x000D_ Mots clés : Vibrio, produits de la mer, biofilms, VNC, qPCR_x000D_ Maryse BONNIN-JUSSERAND, Stéphanie COPIN, Graziella BOURDIN, Thierry GRARDmaryse.bonnin@
univ-littoral.fr
Unité Biochimie des Produits AquatiquesUniversité du Littoral Côte d'Opale_x000D_ Unité Biochimie des Produits Aquatiques BPA_x000D_ Bassin Napoléon, Quai Masset_x000D_ BP120_x000D_ 62327 Boulogne Sur Mer_x000D_
Etude des voies de biosynthèses à l’origine des ovatoxines chez l’algue toxique Ostreopsis cf. ovataDepuis plusieurs décennies, une prolifération accrue du dinoflagellé toxique Ostreopsis cf. ovata a été enregistrée le long des côtes de Méditerranée Nord-Occidentale (1, 2). Certaines de ces efflorescences ont donné lieu à des épisodes épidémiologiques importants (3, 4) et cette espèce fait l’objet d’une surveillance rapprochée par plusieurs pays. La toxicité de ces dinoflagellés benthiques est due à la synthèse de toxines structurellement proches de la palytoxine qui sont ensuite transférées dans le milieu et/ou les aérosols (5). Plusieurs de ces toxines ont été à ce jour identifiées par spectrométrie de masse et ont été regroupées sous le nom d’ovatoxine a à g (6-8), mais seule l’ovatoxine-a a fait l’objet d’une élucidation structurale complète (9). De même, les voies de biosynthèses à l’origine des ovatoxines sont encore inconnues. Une meilleure connaissance des voies de biosynthèses permettraient de mieux comprendre la production de ces toxines et éventuellement les lier à certains paramètres environnementaux._x000D_ Dans ce contexte, l’étudiant sera amené à tester plusieurs précurseurs de biosynthèse potentiellement à l’origine des parties terminales azotées des toxines : famille des polycétides (acétate, propionate) et famille des acides aminés. Pour ce faire, des expériences de « feeding » avec des précurseurs radio-marqués seront réalisées. Cette approche se base sur une méthodologie déjà développée en 2013 par nos laboratoires sur les brevetoxines synthétisées par un autre dinoflagellé toxique, Karenia brevis (10). _x000D_ Ces expérimentations requièrent une très grande rigueur de travail en laboratoire du fait des réglementations spécifiques liées à l’utilisation de la radioactivité. L’étudiant devra avoir un parcours transdisciplinaire avec de solides connaissances en chimie (extraction, HPLC, purification) et au moins une expérience dans la culture de micro-algues. _x000D_ Ce projet de Master 2 s’inscrit dans l’ANR OCEAN15 (2016-2020) et se déroulera dans les locaux de l’IAEA (International Atomic Energy Agency) à Monaco. L’encadrement Université de Nice sera réalisé par O. Thomas (PI) et E. Ternon (postdoc) et l’étudiant travaillera en étroite collaboration avec les membres de l’équipe REL (Radioecology Laboratory) de l’IAEA, Y. Bottein et J.L. Teyssie._x000D_  _x000D_ Bibliographie_x000D_ 1. Mangialajo L, et al. (2008) The toxic benthic dinoflagellate Ostreopsis ovata: quantification of proliferation along the coastline of Genoa, Italy. (Translated from eng) Mar Pollut Bull 56(6):1209-1214 (in eng)._x000D_ 2. Mangialajo L, et al. (2011) Trends in Ostreopsis proliferation along the Northern Mediterranean coasts. (Translated from eng) Toxicon 57(3):408-420 (in eng)._x000D_ 3. Ciminiello P, et al. (2006) The Genoa 2005 outbreak. Determination of putative palytoxin in Mediterranean Ostreopsis ovata by a new liquid chromatography tandem mass spectrometry method. Analytical Chemistry 78:6153-6159._x000D_ 4. Amzil Z, et al. (2012) Ovatoxin-a and palytoxin accumulation in seafood in relation to Ostreopsis cf. ovata blooms on the French Mediterranean coast. (Translated from eng) Marine Drugs 10(2):477-496 (in eng)._x000D_ 5. Ciminiello P, et al. (2014) First finding of Ostreopsis cf. ovata toxins in marine aerosols. (Translated from eng) Environ Sci Technol 48(6):3532-3540 (in eng)._x000D_ 6. Ciminiello P, et al. (2008) Putative palytoxin and its new analogue, ovatoxin-a, in Ostreopsis ovata collected along the Ligurian coasts during the 2006 toxic outbreak. (Translated from eng) J Am Soc Mass Spectrom 19(1):111-120 (in eng)._x000D_ 7. Brissard C (2014) Ovatoxines: Purification à partir d'Ostreopsis cf. ovata en culture et niveaux d'accumulation dans les produits de la mer. Thèse de Doctorat:290 pp._x000D_ 8. Brissard C, et al. (2015) Characterization of ovatoxin-h, a new ovatoxin analog, and evaluation of chromatographic columns for ovatoxin analysis and purification. (Translated from eng) J Chromatogr A 1388:87-101 (in eng)._x000D_ 9. Ciminiello P, et al. (2012) Isolation and structure elucidation of ovatoxin-a, the major toxin produced by Ostreopsis ovata. (Translated from eng) J Am Chem Soc 134(3):1869-1875 (in eng)._x000D_ 10. Calabro K, et al. (2014) Further Insights into Brevetoxin Metabolism by de Novo Radiolabeling. Toxins 6(6):1785-1798.Pr Olivier P. THOMASolivier.thomas@
nuigalway.ie
Université de Galway (Irlande); Lieu du stage: l’IAEA (International Atomic Energy Agency) à Monaco
Etude des voies de biosynthèses à l’origine des ovatoxines chez l’algue toxique Ostreopsis cf. ovataDepuis plusieurs décennies, une prolifération accrue du dinoflagellé toxique Ostreopsis cf. ovata a été enregistrée le long des côtes de Méditerranée Nord-Occidentale (1, 2). Certaines de ces efflorescences ont donné lieu à des épisodes épidémiologiques importants (3, 4) et cette espèce fait l’objet d’une surveillance rapprochée par plusieurs pays. La toxicité de ces dinoflagellés benthiques est due à la synthèse de toxines structurellement proches de la palytoxine qui sont ensuite transférées dans le milieu et/ou les aérosols (5). Plusieurs de ces toxines ont été à ce jour identifiées par spectrométrie de masse et ont été regroupées sous le nom d’ovatoxine a à g (6-8), mais seule l’ovatoxine-a a fait l’objet d’une élucidation structurale complète (9). De même, les voies de biosynthèses à l’origine des ovatoxines sont encore inconnues. Une meilleure connaissance des voies de biosynthèses permettraient de mieux comprendre la production de ces toxines et éventuellement les lier à certains paramètres environnementaux._x000D_ Dans ce contexte, l’étudiant sera amené à tester plusieurs précurseurs de biosynthèse potentiellement à l’origine des parties terminales azotées des toxines : famille des polycétides (acétate, propionate) et famille des acides aminés. Pour ce faire, des expériences de « feeding » avec des précurseurs radio-marqués seront réalisées. Cette approche se base sur une méthodologie déjà développée en 2013 par nos laboratoires sur les brevetoxines synthétisées par un autre dinoflagellé toxique, Karenia brevis (10). _x000D_ Ces expérimentations requièrent une très grande rigueur de travail en laboratoire du fait des réglementations spécifiques liées à l’utilisation de la radioactivité. L’étudiant devra avoir un parcours transdisciplinaire avec de solides connaissances en chimie (extraction, HPLC, purification) et au moins une expérience dans la culture de micro-algues. _x000D_ Ce projet de Master 2 s’inscrit dans l’ANR OCEAN15 (2016-2020) et se déroulera dans les locaux de l’IAEA (International Atomic Energy Agency) à Monaco. L’encadrement Université de Nice sera réalisé par O. Thomas (PI) et E. Ternon (postdoc) et l’étudiant travaillera en étroite collaboration avec les membres de l’équipe REL (Radioecology Laboratory) de l’IAEA, Y. Bottein et J.L. Teyssie._x000D_  _x000D_ Bibliographie_x000D_ 1. Mangialajo L, et al. (2008) The toxic benthic dinoflagellate Ostreopsis ovata: quantification of proliferation along the coastline of Genoa, Italy. (Translated from eng) Mar Pollut Bull 56(6):1209-1214 (in eng)._x000D_ 2. Mangialajo L, et al. (2011) Trends in Ostreopsis proliferation along the Northern Mediterranean coasts. (Translated from eng) Toxicon 57(3):408-420 (in eng)._x000D_ 3. Ciminiello P, et al. (2006) The Genoa 2005 outbreak. Determination of putative palytoxin in Mediterranean Ostreopsis ovata by a new liquid chromatography tandem mass spectrometry method. Analytical Chemistry 78:6153-6159._x000D_ 4. Amzil Z, et al. (2012) Ovatoxin-a and palytoxin accumulation in seafood in relation to Ostreopsis cf. ovata blooms on the French Mediterranean coast. (Translated from eng) Marine Drugs 10(2):477-496 (in eng)._x000D_ 5. Ciminiello P, et al. (2014) First finding of Ostreopsis cf. ovata toxins in marine aerosols. (Translated from eng) Environ Sci Technol 48(6):3532-3540 (in eng)._x000D_ 6. Ciminiello P, et al. (2008) Putative palytoxin and its new analogue, ovatoxin-a, in Ostreopsis ovata collected along the Ligurian coasts during the 2006 toxic outbreak. (Translated from eng) J Am Soc Mass Spectrom 19(1):111-120 (in eng)._x000D_ 7. Brissard C (2014) Ovatoxines: Purification à partir d'Ostreopsis cf. ovata en culture et niveaux d'accumulation dans les produits de la mer. Thèse de Doctorat:290 pp._x000D_ 8. Brissard C, et al. (2015) Characterization of ovatoxin-h, a new ovatoxin analog, and evaluation of chromatographic columns for ovatoxin analysis and purification. (Translated from eng) J Chromatogr A 1388:87-101 (in eng)._x000D_ 9. Ciminiello P, et al. (2012) Isolation and structure elucidation of ovatoxin-a, the major toxin produced by Ostreopsis ovata. (Translated from eng) J Am Chem Soc 134(3):1869-1875 (in eng)._x000D_ 10. Calabro K, et al. (2014) Further Insights into Brevetoxin Metabolism by de Novo Radiolabeling. Toxins 6(6):1785-1798.Pr Olivier P. THOMASolivier.thomas@
nuigalway.ie
Université de Galway (Irlande); Lieu du stage: l’IAEA (International Atomic Energy Agency) à Monaco

Propositions de stages – M1

Retrouvez toutes les propositions de stages destinés aux étudiants de Master STEM 1ère année :

sujet-stagedescription-stagetechniquesresp-stageemaillabo1
Etude de l'adhérence de peintures poudre sur substrat polymèreIl s'agira ici d'étudier les propriétés d'adhésion d'une peinture poudre déposée sur substrat polymère en fonction de la préparation de surface préalable et/ou du vieillissement des systèmes peinture/polymèremesures de propriétés de surfaceJF Chailanchailan@
univ-tln.fr
MAPIEM
optimisation de la préparation d'échantillon et analyse de matériaux compositesIl s'agira ici d'optimiser la préparation d'échantillons de matériaux composites epoxy/fibres de verre afin d'en observer et analyser l'évolution des interfaces/interphases après vieillissementpréparation de surfaces, observation microscopique, analyse thermiqueJF Chailanchailan@
univ-tln.fr
MAPIEM
Mise en place d'une bibliothèse de spectre fluorescence 3D.Dans le cadre du projet CAPTILE, l'étudiant élaborera un base de donnée de fluorescence 3D de molécule simple et de matière organique extraite commerciale (substance humique). Différente condition de pH, de force ionique seront étudiées, et également différent paramètre d'aquisition (principalement fenêtre d'aquisition. Une fois la base de donnée aquise, il sera proposé une fonction de transfert d'une condition à une autre et la basse de donnée sera testé sur un jeu d'échantillon qui proviendrons de différente plage de la côte afin d'estimer la capacité de l'algorithme CP/PARAFAC a séparer les sources de fluorescence dans un mélange. Deux appareils seront également utilisés, le F4500 et de F7000 équipé microplaque afin de déterminer la fonction de transfert de l'un vers l'autre.Spectrscopie de fluorescence absorption UV-Visible, outils statistiqueMOUNIER Stéphanemounier@
univ-tln.fr
Stéphane
Validation d'une méthode de détermination du méthylmercure dans des échantillons de biota marinLe stage a pour objectif de valider un protocole simple, rapide et peu coûteux pour la détermination de la teneur en méthylmercure (MeHg) dans des échantillons de biota marin. Après un pré-traitement à l'acide chlorhydrique et une extraction au toluène puis au thiosulfate de sodium, l'extrait est directement analysé via un analyseur de mercure (AMA-254). Ce dernier est un spectromètre d'absorption atomique. La validation de ce protocole se fera grâce à des analyses sur des matériaux de référence certifiés.spectrométrie d'absorption atomiqueN. Patel (PROTEE)patel@
univ-tln.fr
PROTEE
Mesure et quantification des composés fluorescents des crèmes de bronzage dans les eaux de baignadeLe stage consiste en la détermination en laboratoire de la possibilité de détecter les produits de bonzage dans les eaux de mers, et déterminé la limite de détection. Pour cela plusieurs produits seront testé et mesuré par dilution et si besoin par extraction liquide-liquide. A terme, une application sur le terrain permettra de tester le protocole sur le terrain en période estivale. Spectroscopie de fluorescence, UV-Visible, extraction liquide-liquideS. Mounier (PROTEE)mounier@
univ-tln.fr
PROTEE
Caractérisation structurale de En milieu marin, l’ensemble des surfaces immergées est rapidement colonisé par des communautés complexes de microorganismes (microfouling) puis par des macroorganismes (macrofouling). Face à ce processus biologique, des organismes marins ont développé des défenses spécifiques. Ainsi, l’algue brune méditerranéenne Taonia atomaria est relativement peu colonisée et il a été précédemment démontré qu'elle produisait à sa surface des molécules ayant un effet antifouling._x000D_ L’objectif de ce stage est de caractériser les molécules exprimées à la surface de cette algue. Pour cela, suite à leur extraction et à leur purification par chromatographie semi-préparative, ces composés seront analysés par RMN et spectrométrie de masse afin de déterminer leur structure chimique._x000D_ Techniques chromatographiques (HPLC) et spectroscopiques RMN 1D et 2D, Spectrométrie de masse)Gérald CULIOLIculioli@u
niv-tln.fr
MAPIEM, EA 4323
Evaluation de la toxicité de biocides organiques sur les communautés planctoniques marines côtières L’utilisation de biocides organiques toxiques pour prévenir l’apparition des salissures (biofouling) sur les coques des bateaux s’inscrit dans un cadre réglementaire afin de mettre sur le marché des produits efficaces et non toxiques vis-à-vis des organismes marins non ciblés. L’objectif de ce stage vise à étudier la toxicité sur les communautés planctoniques côtières de molécules anti-fouling préparées au laboratoire._x000D_ Ce travail consistera en des prélèvements en mer de plancton. Les différentes communautés planctoniques seront analysées et étudiées par cytométrie en flux (Pico- et Nanoplancton) et par microscopie optique (zooplancton). L’étudiant(e) recruté(e) réalisera des expérimentations d’analyses chimiques, biologiques et de mise en culture d’organismes planctoniques._x000D_ Analyses chimiques, cytométrie en flux, microscopie, culture d'organismesY. Blache, D. Jamet, M. Molmeret et JL Jamet.yves.blache@
univ-tln.fr
MAPIEM et PROTEE
Caractérisation des protéomes membranaires de deux souches méditerranéennes du dinoflagellé marin toxique Alexandrium catenella cultivées en conditions de stress métalliques Le dinoflagellé Alexandrium catenella est impliqué dans des efflorescences algales massives toxiques (Harmful Algal Blooms : HABs) observées dans des écosystèmes marins côtiers perturbés par des apports anthropiques. Des cultures de deux souches méditerranéennes d’A. catenella seront réalisées en présence d’éléments traces métalliques (ETMs) présents dans les milieux pollués (cuivre, cadmium, plomb, zinc). Les protéines membranaires des cellules cultivées en conditions contaminantes seront extraites puis séparées par électrophorèse 2D, afin de caractériser les protéomes membranaires des deux souches d’A. catenella, et de mettre en évidence des biomarqueurs de stress métalliques (protéines de stress), spécifiques à chaque souche étudiée. culture cellulaire, microscopie, spectrophotométrie, électrophorèse 2DNatacha JEAN – Luce PERIE jean@
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Laboratoire Processus de Transferts et d’Échanges dans l’Environnement EA 3819
Photodégradation d'un colorant par un catalyseur hybride or/nanotube de carbone en milieu aqueuxLe travail de recherche proposé dans ce stage s’inscrit dans une démarche environnementale en visant la dégradation totale de polluants organiques persistants par un procédé durable et "propre". L’objectif est d’étudier les propriétés photocatalytiques d’un catalyseur hybride formé de NP d’or greffées sur des nanotubes de carbone vis-à-vis de la dégradation d’un colorant modèle._x000D_ _x000D_ L’élaboration du matériau hybride est simple, rapide et maitrisée au laboratoire. Ainsi, le stage portera principalement sur le suivi de la cinétique de dégradation de la molécule de colorant sous irradiations UV et surtout visible. En particulier, l’effet de la taille des NP d’or sera exploré.Principalement Spectroscopie UV-Visible, Secondairement Microscopie ElectroniqueV. Chevallier et M. Arabcheva@
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IM2NP
Optimisation de la composition de milieux de culture pour la production de microalgues (offre 4)Cooperl recherche, pour son service R&D de la branche Industrie de l’Environnement (IDE) un stagiaire pour 4 mois minimum, sur le sujet suivant_x000D_ Sujet n° 4 : Optimisation de la composition de milieux de culture pour la production de microalgues_x000D_ Contexte de la mission Au sein du service R&D IDE, vous êtes rattaché au chef de projet. Vous avez la responsabilité de mener une étude sur l’optimisation de la composition chimique d’un milieu de culture à partir d’intrants alternatifs pour la production de microalgues._x000D_ Descriptif des missions réalisées en stage :  Etude bibliographique  Elaboration de protocoles expérimentaux et suivi de culture de microalgues  Echantillonnages et analyses chromatographiques et biochimiques  Analyse et mise en forme des résultats expérimentaux  Rédaction de rapports bibliographiques et de compte-rendu d’expériences_x000D_ _x000D_ Lieu : Lamballe (22)_x000D_ Contact : adressez votre candidature à alacoste@cooperl.com (ref. STA-Cooperl-2017) avec la référence de l’offre (titre et n°)chimie de l’eau, analyses chromatographiquesNoémie ORYnory@
cooperl.com
Cooperl Arc Atlantique
Déterminer les facteurs physico-chimiques du sol qui ont un effet sur la stabilité des sulfures de zinc présents dans les déchets organiques épandus sur les sols agricoles.Le digestat, résidu du procédé de méthanisation, est riche en nutriments et est épandu sur les sols cultivés. Cependant les déchets organiques sont riches en zinc, ce qui peut représenter un risque pour l’environnement. Le procédé de méthanisation change la spéciation du zinc dans les déchets : la proportion de ZnS augmente. Les ZnS d’origine naturelle sont stables dans le sol mais les ZnS formés dans les déchets organiques se dissolvent rapidement. Puis, l’environnement dans lequel les ZnS évoluent peut influencer leur stabilité. Objectif du stage : déterminer les facteurs physico-chimiques du sol qui influencent la stabilité des ZnS. _x000D_ Synthèse de nanoparticules, ICP-MS, DRX, METClément Levardlevard@
cerege.fr
CEREGE
ETUDE DE LA SPÉCIATION DES MÉTAUX RARES AVEC LA MATIÈRE ORGANIQUE Le stage consiste à effectuer des séries d’expériences de quenching de fluorescence entre des matières organiques extraites et des métaux rares (Sb, W, Eu, Rb, …). Les expérimentations se feront par spectroscopie de fluorescence 2D/3D, UV-Visible, et si nécessaire spectroscopie de fluorescence résolue en temps.Spectroscopie de fluorescence, UV-Visible, Fluorescence Résolue en Temps.S. MOUNIERmounier@
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PROTEE
Etude de la spéciation des métaux rares avec la matière organiqueLe stage consiste à effectuer des séries d'expériences de quenching de fluorescence entre des matières organiques extraites et des métaux rares (Sb, W, Eu, Rb, …). Les expérimentations se feront par spectroscopie de fluorescence 2D/3D, UV-Visible, et si nécessaire spectroscopie de fluorescence résolue en temps.Spectroscopie de fluorescence, UV-Visible, Fluorescence Résolue en Temps.S. Mounier (PROTEE) / A. Nouhi (PROTEE)mounier@
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Stéphane MOUNIER

 

Déposer une offre de stage – Master STEM 2e année

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MASTER SCIENCES, TECHNOLOGIES ET ENVIRONNEMENT MARIN /
Masters in Sciences, Technologies and Marine Environment
2e année / Second Year

Spécialités / Specialty Path.
BIOMAR, CHARME et / and MAE

PROPOSITION DE STAGE / INTERNSHIP PROPOSAL
Année Universitaire 2017-2018 / University year 2017-2018

* : Champs obligatoires / fields required

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Technique(s) utilisée(s) / Techniques used * :

Compétences attendues du stagiaire / Skill set expected of trainee * :

Mots-clés / Key words :

Spécialité concernée / Specialty path :

M2 BIOMARM2 CHARMEM2 MAE

Type de stage / Type of internship * : RechercheIndustriel

INFOS SUR LE LABORATOIRE OU L'ENTREPRISE / INFO ON LABORATORY or COMPANY :
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Responsable du stage / Interneship Coordinator * :

Tél / Tel * :

Courriel / Email *:

Laboratoire ou Entreprise 1 / Laboraty or Company 1 * :

Adresse 1 / Adress 1:

Le cas échéant, Laboratoire ou Entreprise 2 / If appropriate, Laboraty or Company 2 :

Adresse 2 / Adress 2 :

INFOS COMPLÉMENTAIRES / MORE INFORMATION
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Déposer une offre de stage – Master STEM 1re année

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MASTER SCIENCES, TECHNOLOGIES ET ENVIRONNEMENT MARIN /
Masters in Sciences, Technologies and Marine Environment
1ère année / First Year

PROPOSITION DE STAGE / INTERNSHIP PROPOSAL
Année Universitaire 2017-2018 / University year 2017-2018

* : Champs obligatoires / fields required

INFOS SUR LE STAGE / INFO ON INTERNSHIP :
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Titre du sujet de stage / title of internship project * :

Description du stage (100 mots) / Description of project (100 words) * :

Technique(s) utilisée(s) / Techniques used * :

Compétences attendues du stagiaire / Skill set expected of trainee * :

Mots-clés / Key words :

Type de stage / Type of internship * : RechercheIndustriel

INFOS SUR LE LABORATOIRE OU L'ENTREPRISE / INFO ON LABORATORY or COMPANY :
-------------------------------------------------------------------------------

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